单细胞测序

盘点丨单细胞测序11月发表了哪些文献

以下文章依然按照影响因子高低进行排列:
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IF:43
标题:Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood.PMID:31748747发表期刊:Nature影响因子:43.07发表时间:2019 Nov 20

摘要:在循环白细胞中,Y染色体的镶嵌损失(LOY)是克隆嵌合体的最常见的形式,但我们对其原因和后果的了解是有限的。在这里,作者使用一种计算方法,估计UK Biobank研究中(n = 205,011)有20%的男性人口具有可检测的LOY。作者确定了LOY的156个常染色体遗传决定因素,并在757114名欧洲和日本血统的男人中进行了验证。这些基因座突出了参与细胞周期调控和癌症易感性的基因,以及肿瘤生长的体细胞驱动力和癌症治疗的靶标。作者证明了对LOY的遗传易感性与对男性和女性健康的非血液学影响有关,这支持了克隆性造血是其他组织基因组不稳定性的生物标记的假设。单细胞RNA测序可通过LOY识别白细胞中常染色体基因的表达失调,并提供洞悉为何可能发生这些细胞克隆扩增的见解。总体而言,这些数据凸显了研究克隆嵌合体的价值,从而得以揭示癌症和其他与衰老相关的疾病的基本机制。
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IF:41
标题:In vitro culture of cynomolgus monkey embryos beyond early gastrulation.PMID:31672918发表期刊:Science影响因子:41.037发表时间:2019 Nov 15

摘要:在胚胎发育中,当胚芽层分化并且基本的动物身体计划建立时,原肠胚形成是一个关键事件。由于现阶段获取灵长类胚胎的困难,灵长类原肠胚的复杂性仍然是一个谜。在这里,作者报告了体外培养(IVC)系统的建立,该系统支持食蟹猴囊胚超过早期原肠胚,直到受精后20天的持续发育。IVC胚胎高度概括了着床后早期体内发育的关键事件,包括上胚层和下胚层的分离、羊膜和卵黄囊腔的形成、原始生殖细胞的出现以及前后轴的建立。IVC胚胎的单细胞RNA测序分析提供了灵长类着床后早期发育过程中有关谱系分化的信息。该系统为探索灵长类动物早期着床后胚胎发生的特点和机制提供了一个平台,可能保存人类胚胎发生中的细胞运动和谱系。
3
IF:36
标题:Modeling the Evolution of Human Brain Development Using Organoids.PMID:31778651发表期刊:Cell影响因子:36.216发表时间:2019 Nov 27

摘要:在《自然》杂志的最新一期中,Kanton等人通过描绘来自人类,黑猩猩和猕猴干细胞的脑器官的单细胞转录体和表观基因组,探索人脑的进化和发育。他们的结果揭示了在大脑发育的最早阶段区分人类和非人类灵长类动物的关键分子特征。
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IF:36
标题:B Cells and T Follicular Helper Cells Mediate Response to Checkpoint Inhibitors in High Mutation Burden Mouse Models of Breast Cancer.PMID:31730857发表期刊:Cell影响因子:36.216发表时间:2019 Nov 14

摘要:这项研究使用三阴性乳腺癌小鼠模型确定了介导对免疫检查点抑制剂的反应的机制。通过建立新的乳腺肿瘤模型,作者发现肿瘤突变负荷和特异性免疫细胞应答有关。此外,作者从敏感和耐药的小鼠模型中获得了经过免疫治疗和未治疗的肿瘤的丰富的单细胞RNA-seq数据和bulk mRNA-seq数据。使用这种方法,作者发现免疫检查点疗法可诱导B细胞的滤泡辅助T细胞激活,从而促进这些模型中的抗肿瘤反应。作者还表明,T细胞的B细胞活化和抗体的产生是免疫治疗反应的关键,并为免疫检查点疗法提出了新的生物标记物。总而言之,这项工作建立了新的乳腺癌临床前模型,提供了针对治疗敏感个体的mRNA-seq和单细胞RNA-seq数据集,并揭示了应对免疫检查点抑制剂反应的新成分。
5
IF:36
标题:Clonal Decomposition and DNA Replication States Defined by Scaled Single-Cell Genome Sequencing.PMID:31730858发表期刊:Cell影响因子:36.216发表时间:2019 Nov 14

摘要:准确测量单个肿瘤细胞基因组的克隆基因型、突变过程和复制状态将有助于提高对肿瘤进化的理解。作者已经开发了DLP+,这是一个使用商品化仪器基于图像的对象识别和开源计算方法来实现的可扩展的单细胞全基因组测序平台。使用DLP+,作者已经生成了51,926个单细胞基因组数据集,并匹配了来自不同细胞类型(包括细胞系、异种移植和使用有限材料的诊断样本)的细胞图像。从这个数据集中,作者定义了跨组织类型和基因型的有丝分裂错误隔离率的变化。对匹配的基因组和图像测量结果的分析揭示了细胞形态和基因组倍性状态之间的相关性。共享拷贝数分布的细胞聚集实现了在单核苷酸分辨率基础上计算克隆基因型和推断克隆系统的发育,同时避免了大量反卷积的局限性。最后,对上述特征的联合分析定义了多克隆群体中克隆特异性染色体非整倍性。
6
IF:36
标题:Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control FeedingPMID:31730854发表期刊:Cell影响因子:36.216发表时间:2019 Nov 14

摘要:能量稳态需要精确测量摄入食物的数量和质量。迷走神经支配着肠道,可以检测到不同的内感受性信号,但是调节食物摄入的关键感觉神经元和相应信号的身份仍然未知。在这里,作者使用一种靶向特异的单细胞RNA测序方法,描绘了胃肠道迷走神经细胞类型图谱。作者表明,特异的分子标记物可以识别具有独特的神经支配模式、感觉末梢和功能的迷走神经元。出人意料的是,作者发现食物摄入对肠道机械感受器的刺激最敏感,而营养激活的粘膜传入神经则没有作用。外围操作结合中枢记录显示,肠道机械感受器(而非其他类型的细胞)可有效且持久地抑制下丘脑中促进饥饿的AgRP神经元。这些发现确定了肠道机械感受器在调节食物摄取中的关键作用。
7
IF:23
标题:Clonally Expanded T Cells Reveal Immunogenicity of Rhabdoid Tumors.PMID:31708437发表期刊:Cancer Cell影响因子:23.916发表时间:2019 Nov 7

摘要:横纹肌样肿瘤(rhabdoid tumor,RTs)是基因组简单的儿科癌症,由SMARCB1的双等位基因失活驱动,导致SWI/SNF染色质重塑复合物缺乏。对人和小鼠RTs免疫浸润的综合评估,包括免疫组织化学,bulk RNA测序和DNA甲基化图谱研究表明,T和髓样细胞浸润的肿瘤发生率很高。单细胞RNA(scRNA)和T细胞受体测序突出了这些细胞的异质性,揭示了具有治疗靶向性的耗竭效应细胞和克隆性扩展的组织驻留记忆CD8+T亚群,这可能代表肿瘤特异性细胞。在实验性RT模型中的检查点阻断治疗诱导了已建立的肿瘤的消退和持久的免疫反应。最后,作者发现介导RT免疫原性的机制涉及了依赖SMARCB1内源性逆转录病毒的重新表达和干扰素信号激活。
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IF:21
标题:Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human EmbryosPMID:31604687发表期刊:Immunity影响因子:21.522发表时间:2019 Nov 19

摘要:人类胚胎中第一批T淋巴细胞的产生涉及淋巴祖细胞的出现、迁移和胸腺播种以及伴随的胸腺器官发生,这是建立整个适应性免疫系统的第一步。然而,调节这一过程的细胞和分子程序尚未被了解。作者通过使用跨越胚胎和胎儿阶段的多个生血和造血位点的细胞,构建了人类早期T淋巴细胞生成的单细胞转录景观。在异源早期胸腺祖细胞中,有一种亚型与胎儿肝脏中的一组被称为胸腺定植祖细胞(thymus-seeding progenitors,TSP)的淋巴祖细胞具有共同特征。无偏倚的生物信息学分析在主动脉-性腺-中肾(AGM)区域识别出一种独特的胸腺前淋巴祖细胞类型。同时,作者研究了胸腺器官发生过程中胸腺上皮细胞的发育和潜在的细胞-细胞相互作用。总之,作者的数据提供了对人类早期T淋巴细胞生成的见解,其有望指导T淋巴细胞再生,从而促进临床应用的发展。
9
IF:21
标题:A single-cell atlas of entorhinal cortex from individuals with Alzheimer's disease reveals cell-type-specific gene expression regulation.PMID:31768052发表期刊:Nat Neurosci影响因子:21.126发表时间:2019 Nov 25

摘要:目前几乎没有关于单个细胞类型如何导致阿尔茨海默病的信息。在这里,作者将单核RNA测序应用于来自对照组和阿尔茨海默病患者的内嗅皮层样本(n = 每组6个),总共产生了13,214个高质量细胞核。作者详细介绍了细胞类型特异性的基因表达模式,揭示了特定细胞亚群中的转录变化如何与阿尔茨海默病相关。作者报告了阿尔茨海默病危险基因APOE在阿尔茨海默病少突胶质祖细胞和星形胶质细胞亚群中被特异性抑制,并在阿尔茨海默病特异性小胶质细胞亚群中上调。将转录因子调节模块与阿尔茨海默病风险位点整合,揭示了细胞类型特异性状态向阿尔茨海默病转变的驱动因素。例如,转录因子EB(溶酶体功能的主要调节因子)调节特定阿尔茨海默病星形胶质细胞亚群中的多种疾病基因。这些结果为理解阿尔兹海默病风险基因的协调调控以及特定细胞类型对阿尔兹海默病发生的影响提供了见解。这些结果可在http://adsn.ddnetbio.com.获得。
10
IF:21
标题:Mapping microglia states in the human brain through the integration of high-dimensional techniques.PMID:31740814发表期刊:Nat Neurosci影响因子:21.126发表时间:2019 Nov 18

摘要:小胶质细胞是中枢神经系统的组织常驻巨噬细胞,可协调局部免疫反应,并导致多种神经和精神疾病。对人类小胶质细胞及其在病理过程中如何协调其高度可塑性和针对特定环境的适应性反应知之甚少。在这里,作者结合了两种高维技术(即单细胞RNA测序和飞行时间质谱分析技术),以确定人类大脑中的小胶质细胞在动态平衡和疾病期间的状态。这种方法使作者能够识别和表征以前未被了解的人类小胶质细胞的转录状态谱。这些转录状态是由它们的空间分布决定的,并且随着年龄和脑肿瘤病理而进一步发生改变。这种对人类中枢神经系统中多种小胶质细胞表型的描述可能为特定于亚群的治疗干预开辟有前景的新途径。
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IF:17
标题:A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis.PMID:31768046发表期刊:Nat Cell Biol影响因子:17.728发表时间:2019 Nov 25

摘要:肌腱损伤会导致长期的残疾,并且永远无法完全恢复。目前对肌腱再生的机制认识是有限的。在这里,作者使用单细胞转录组学鉴定了一种微管蛋白聚合促进表达蛋白家族成员3 (Tppp3+)的细胞群为潜在的肌腱干细胞。通过诱导谱系追踪,作者证明这些细胞可以产生新的肌腱细胞并在损伤后自我更新。部分Tppp3+细胞表达血小板衍生生长因子受体α(Pdfgra)。异位血小板衍生生长因子-AA(PDGF-AA)蛋白诱导新的肌腱细胞产生,而Tppp3 +细胞中Pdgfra的失活阻碍了肌腱再生。这些结果支持了Tppp3-Pdgfra+细胞为肌腱干细胞。出乎意料的是,Tppp3-Pdgfra+成纤维脂肪祖细胞共存于肌腱干细胞龛中并产生纤维细胞,这揭示了愈合肌腱中纤维瘢痕的秘密来源。作者的结果解释了为什么受伤的肌腱会发生纤维化,并提出了在不增加纤维化的情况下应用PDGF来增强肌腱再生的临床挑战。
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本文由 GCBI学院 作者:Lina 发表,转载请注明来源!

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