基础科研

如何快速查看一个基因在各个肿瘤中的表达情况

 

数据挖掘除了基因之间的定性关系,若想进行更深层面的研究,还是得落到原始数据上去。但找原始数据,还要整理,简直生无可恋。

表达雷达

今天介绍一个小工具-表达雷达,可查看基因在各个肿瘤中的表达概况,这么多的信息,感觉想咋用咋用。看文献找到一个感兴趣的基因,可以用它看看在某些肿瘤中是否差异表达;自己有数据,可以用它做参考来筛差异基因;若是做肿瘤间差异的,表达雷达就是素材。还有一个万能的地方非常之合适,那就是文章中的讨论部分,讨论一下××基因在不同肿瘤间的一个表达概况,由此得出……

表达雷达

表达雷达怎么用

说了那么多,怎么用表达雷达呢?五个字,非常之简单。举个小例子,还是上次看文献看到的CCL5,其被证实和乳腺癌的转移有关,那它在其他肿瘤中的表达情况如何呢?是否和其他癌症的转移也有关系?

在基因雷达中输入CCL5,查看表达概况,可看到CCL5在各个癌症中的表达值,红色为癌组织,蓝色为正常组织,左右两边为癌症的缩写。选择感兴趣的癌症,下方会有详细的说明,样本表达的平均值,最大值,最小值,样本数,标准差等等。

 

可以看到CCL5在一些癌症中都高表达,如SARC肉瘤,KIRC肾癌,HNSC头颈鳞状细胞癌,并在淋巴样肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤表达值最高。CCL5在乳腺癌中高表达,并且其和乳腺癌转移有关,那CCL5在SARC肉瘤,KIRC肾癌中表达差异倍数都比乳腺癌高,那是否也会和癌症转移相关呢?接下来就可以看看CCL5在这些癌症转移中是否被研究过,没有的话恭喜你,所以课题没有思路时,可以多瞅瞅表达雷达。

拓展

看到一个感兴趣的基因,想研究,怎样才能最快的找到一个课题方向?或者说脑子里已经有一个好的idea了,怎样才能高效的判断是否已经被别人捷足先登了呢?(说白了就是看这个基因的研究概况O__O"…,这不是重点好么)

还是借用上面的CCL5,先在基因雷达中看下CCL5的科研热点,知己知彼,方能运筹帷幄。输入CCL5,有关的文献研究,疾病,miRNA等研究概况都一一展现。

在Pubmed中可看到CCL5的研究概况,若想更聚焦,可点击疾病看到CCL5在各个疾病中的研究概况。

还要聚焦的话,可点击miRNA查看和CCL5相关的每个miRNA,每个都附有文献支持。

 

想怎么切入,就看你自己的了

表达雷达的数据来自哪?如何整合出来的?看这里

 

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本文由 GCBI学院 作者:Lina 发表,转载请注明来源!

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评论:

3 条评论,访客:3 条,博主:0 条
  1. 15329106170
    15329106170发布于: 

    很好的方法,不过这种数据库也有很多,而且是免费的

    • Lina
      Lina发布于: 

      还有哪些?能否介绍一下,大家共同学习

  2. peck82
    peck82发布于: 

    GeneCards – Human Genes | Gene Database | Gene Search我觉得这个也比较好用

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