单细胞测序最新资讯

上分新热门——单细胞测序,及时送达!

这两天,小编耳朵边一直萦绕着单细胞测序这个词,后台也有小伙伴问它。那要不就写一下吧,看看它到底有什么魅力。
要讲单细胞测序的话,一定要先讲一下异质性这个问题。
肿瘤异质性
恶性肿瘤在演进过程中的高度复杂性和多样性,其重要特征是:肿瘤异质性,表现就是同一种恶性肿瘤不同患者个体之间或者同一患者体内不同部位肿瘤细胞间从基因型到表型上存在的差异。目前临床上选择的肿瘤治疗策略,通常是取决于对单个原发灶或者转移灶进行的分析,而瘤内异质性的存在对肿瘤治疗策略提出了重要的挑战,一直是肿瘤发生发展机制研究领域重要的科学问题。

异质性的检测-单细胞测序
二代测序的发展使肿瘤基因组的研究不断深入,尤其是单细胞测序技术。单细胞测序技术是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术。它以单个细胞为研究对象,能够有效地了解基因异质性的特征。如:发布在Nat Rev Immunol上的一篇文章:Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity,主题就是通过单细胞测序技术研究免疫细胞的异质性。

与常规测序技术的比较
研究肿瘤的各位对常规的转录组测序都不陌生,此刻心中应该都有一个疑问:单细胞测序相对常规测序技术的优势是什么?
可对珍贵微量样本进行测序
单细胞测序所需样本量较少(具体样本量请看下文),可针对一些无法在实验室培养的稀少样本,如肿瘤循环细胞、早期发育的胚胎细胞,可研究不同细胞间基因表达的差异。
可有效解决细胞群体异质性问题
常规测序中,得到的是一堆细胞的信号(变异)平均值(a),极端例子中,个别信号甚至会被当做异常值剔除(b)。
而单细胞测序技术的出现,很好的解决了这个问题。研究者可以通过对生命的最小独立遗传单位进行测序,从而获得更多信息。
应用场景
虽然肿瘤的大量基因组学和转录组学研究显然将继续有助于揭示癌症的基因组复杂性,但单细胞测序技术提供了一种互补且同样强大的工具来解剖肿瘤内遗传和转录组学的异质性。
1.肿瘤癌变前监控
单细胞测序能够通过检测少量细胞的基因组信息来获得个体疾病发生趋势,能做到早期筛查并提供相应的临场方案的设定。
2.肿瘤微环境研究
肿瘤细胞的异质性,对临床肿瘤学应用于靶向治疗,免疫疗法,针对微环境来治疗有很大的影响。
3.肿瘤的转移
关于肿瘤的转移,单细胞测序能够探讨以下问题:•      转移的发生过程是特定的基因发生改变所导致的,还是所有的肿瘤细胞都拥有转移能力从而使得转移是随机发生的事件?

•      转移的发生是单向发生一次还是动态的?

•      是癌细胞所处的微环境的变化从而改变了癌细胞的转录状态,改变了癌细胞的耐药性?

4.风险评估和早期检测
单细胞测序可对易感体质人群进行患病风险评估。
 
 
参考文献:1.Unravelling biology and shifting paradigms in cancer with single-cell sequencing

2.单细胞测序技术揭示基因组异常在常见肿瘤发生与转移中的作用. R73-37

3.肿瘤异质性:精准医学需破解的难题.[J]生物化学与生物物理进展 2015, 42(10): 881~890

4. Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity. Nat Rev Immunol. 2018 Jan;18(1):35-45.

5. Single-cell profiling of the developing mouse brain and spinal cord with split-pool barcoding. Science aam8999(2018).

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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