以T细胞为主的获得性免疫在肿瘤和病原体杀伤中发挥重要作用，MHC介导是T细胞获得性免疫的主要特征。2021年上半年，应用MHC结合抗原肽的原理，中国学者发表了一些代表性的成果。分别从MHC参与的免疫效应和免疫机理层面做了阐述，我们在此对其中文献做出简要解读：
1. 通过pMHC四聚体获得HBV抗原特异性肿瘤浸润T细胞，发现了新的免疫细胞分群。代表文献：
Non-terminally exhausted tumor-resident memory HBV-specific T cell responses correlate with relapse-free survival in hepatocellular carcinoma. Immunity. 2021 Jul 10. 2020年 影响因子：31.745
肝细胞癌的进展与HBV感染有关，且对免疫检查点抑制剂的疗效不佳。我们测试了抗原特异性肝细胞癌浸润T淋巴细胞，以及其对应的癌组织。抗原特异性T细胞使用pMHC四聚体，分选来自46个患者的血液、肝脏、肿瘤组织中T淋巴细胞。发现了91种不同的抗原特异性CD8+ T细胞，这些T细胞靶向HBV、新生抗原、肿瘤相关抗原、疾病无关抗原。HBV特异性T细胞集中于两群记忆性T细胞亚群， 这些T细胞是PD-1和TOX阳性的，而且出现了克隆扩张现象。高频率的肿瘤内终末期耗竭T细胞并不普遍。具有非终末端耗竭HBV特异性CD8阳性记忆性T淋巴细胞作为标志物，这类标志物阳性的患者呈现长期无复发生存期特点。因此，非终末端耗竭HBV特异性CD8阳性记忆性T淋巴细胞显示出抗肿瘤反应的激活特征。
2. HBV肝癌的免疫激活效应，通过两种方法获得抗原特异性T细胞,代表文献：
Next Generation Sequencing-Based Identification of T-Cell Receptors for Immunotherapy Against Hepatocellular Carcinoma. Hepatol Commun. 2021 Feb 28;
由于HBV蛋白的存在，HBV相关肝癌是最适合采用靶向HBV抗原的T细胞免疫治疗的肿瘤，这个过程需要快速精确定位HBV特异性T细胞受体结构，从而开发TCR转染的T细胞治疗。精确确定TCR结构的方法有两种：
一种是T细胞克隆增殖后进行单细胞测序，其优点是TCR的Vα和Vβ可以配对，缺点是T细胞克隆增殖需要培养且耗时，单细胞测序前的流式分选会导致没有足够的活性细胞，导致数据丢失，同时单细胞测序价格不菲。
第二种方法是直接用HBV pMHC四聚体捕获抗原特异性T细胞，而后直接进行TCR测序，TCR表达后进行特异性和亲和力的体外验证。
3. 通过pMHC选定结核耐药的细胞毒T细胞的结合表位，代表文献：
Identification of CTL Epitopes on Efflux Pumps of the ATP-Binding Cassette and the Major Facilitator Superfamily of Mycobacterium tuberculosis. J Immunol Res. 2021 Jan 5; 影响因子:4.82
开发安全有效的结核疫苗是重要的公共卫生工作。为了发现结核杆菌耐药相关膜蛋白外排泵、ATP结合元件及其主要的激活性超家族。该研究使用三种在线软件分析pMHC的限制性表位，而后对候选表位使用T2A2细胞结合实验、pMHC复合物稳定性实验、以及体外免疫活性实验验证。该研究选择了两个耐药的T淋巴细胞表位，Rv1218c-p24 and Rv2477c-p182，构建基因工程小鼠研究免疫原活性。完全福氏佐剂也可以提升两个表位的免疫活性。这里鉴定的表位可以作为诊断和治疗结核菌耐药的辅助方法，并为未来开发多表位疫苗提供支持。
1. 发明肿瘤新生抗原更加准确的预测方法，代表文献
Immune-based mutation classification enables neoantigen prioritization and immune feature discovery in cancer immunotherapy. Oncoimmunology. 2021 Jan 15. 影响因子 6.0
肿瘤体细胞突变导致突变蛋白多肽被呈递给T细胞，从而形成肿瘤新生抗原。多数算法都是预测突变多肽的抗原性，但是很少有预测其免疫原性。肿瘤新生抗原的免疫原性还不完全清楚。在TCR-pMHC结合信息基础上，该研究发现保守的锚定残基的突变往往来自于具有免疫原性的肿瘤新生抗原，该模式被命名为NP法则。将该规则整合入预测算法，研究发现可以改善肿瘤新生抗原的预测优化。为了理解其规则，本文解析了多种新生抗原-MHC结构。这些结构显示，遵循这种模式的肿瘤新生抗原不仅仅增加了pMHC的亲和力，还创造了新的TCR结合位点。
2. 发现pi-pi堆叠是pMHC亲和力和稳定性的关键参数，代表文献
Related parameters of affinity and stability prediction of HLA-A*2402* restricted antigen peptides based on molecular docking
Ann Transl Med 影响因子：3.932
多肽和MHC-I的稳定合作保证了高效呈递给T细胞信号，该研究的目标是探索如何改善pMHC的亲和力和稳定性。亲和力评价使用NetMHCpan v4.1，稳定性评价值使用NetMHCstab v1.0。使用Auto Vina实施多肽与HLA的对接模拟，使用Flexpepdock优化对接的空间构型。Maestro用于分析分子间结合力，以及复合物的亲和力，使用MM-GBSA计算结合自由能。分子间互作力的pi-pi 堆积是影响亲和力、稳定性、结合自由能的显著性负相关因素。pi-pi 堆积是指芳香环之间有吸引力的非共价相互作用。这些相互作用在 DNA 和 RNA 分子内的核碱基堆积、蛋白质折叠、模板定向合成、材料科学和分子识别中发挥重要作用。多肽中的氨基酸不能随意替换，替换后将导致分子间pi键堆积无法形成，从而无法构建高亲和力和高稳定性的pMHC复合物，这个现象也验证了该参数的重要价值。
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