数据分析

差异基因筛选方法

差异基因筛选方法

大家拿到基因数据,一头雾水不知如何下手,别急,咱们从差异基因筛选开始,一步步掀开数据分析的那层神秘面纱! 本文特别感谢GCBI算法工程师Doctor Wang的倾情解答! 对于基因的差异表达分析,能够发现一组在正常样本和患病样本中表…
芯片Meta分析,菜鸟进阶第一步

芯片Meta分析,菜鸟进阶第一步

Meta分析作为发文章的一种捷径, 虽然显得有些功利,但在缺乏时间开展新的实验或是没有能力开展大规模的临床实验时不失为一种好方法。 创新从模仿开始,今天我们以一篇meta分析文章为例,来看看表达谱meta分析的基本思路。 Meta分…
共表达网络分析教程

共表达网络分析教程

分子生物网络展现了分子之间的相互作用,可较为深入地反映基因间的表达调控关系,在组学机理的研究中尤为重要。今天我们首先来看看共表达网络分析。共表达网络分析基因共表达网络分析(Gene Co-expression Network Ana…
教你如何做趋势分析

教你如何做趋势分析

在实验的设计中,我们经常需要了解基因随时间,温度,药物浓度等变化的表达趋势。当生物体按照一定顺序发生变化或者受到外界环境刺激(如受到不同浓度的化学药物诱导)时,基因表达变化也会呈现趋势特征。 趋势分析趋势分析(STC, Series…
如何用Path-net来筛选核心通路

如何用Path-net来筛选核心通路

上次介绍了如何用基因功能(GO)和信号通路(Pathway)分析来缩小差异基因范围。那如何筛选出核心Pathway呢?信号通路是一个相互作用网络,核心Pathway主导了疾病变化过程,是影响其他信号通路的枢纽。找到核心Pathway…
1分钟看懂差异基因结果

1分钟看懂差异基因结果

想研究某现象的分子机制,老板豪气的来一句,先测个转录组吧,看下差异表达基因。是否在心里窃喜,制个样就完事了,太easy有木有。等大堆数据回来的时候,是不是傻眼了?从何下手挑选差异表达基因呢?今天就来聊聊测序实验中最基础的一步如何挑选…