GCBI分析 | 视频

TCGA入门——数据下载、整合及简单应用

讲师介绍:

张丽梅

华东理工大学硕士,上海其明科研服务部生物信息研究员,负责生物信息学新算法的调研、开发及流程搭建,主攻 TCGA数据分析。

课程大纲:

  • TCGA简介

1、带你熟悉新版TCGA界面

2、TCGA包含哪些数据,哪些是公开可用的?作为新手,下载什么水平的数据最易上手

3、TCGA文件ID介绍,让你不在懵圈

  • 实例演示TCGA数据下载、整合

1、单个癌症特定类型数据下载(基因表达数据),可直接下载或借助下载工具GDC Data Transfer Tool

2、R处理数据的基本操作——数据整合、ID对应

  • TCGA简单应用——某种癌症的差异基因筛选

1、应用R进行差异表达基因筛选流程

2、使用R软件包进行差异表达基因统计分析、火山图和聚类图制作

附录:

课件、代码及数据下载:

链接: https://pan.baidu.com/s/1WYIUGmWA5kdxVhk2BEqISA     密码: ysi9

 

 

(3)

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

乞嘚咙咚呛咚呛

乞嘚咙咚呛咚呛

文章:214 视频:112 商品:2 积分:0

相关视频

最新视频

热评视频

评论:

5 条评论,访客:5 条,博主:0 条
  1. jingli198896
    jingli198896发布于: 

    好棒的内容,学习课题思路,数据库使用,很实用的题材!!

  2. lucia
    lucia发布于: 

    请问下老师您查看txt文件的软件是啥啊?比记事本显示的更整齐更漂亮哎。

    • li8592496
      li8592496发布于: 

      您好,老师用的软件名为Notepad++

  3. fenglingxue
    fenglingxue发布于: 

    老师您好!您说contral很难拿到,那没有contral怎么分析呢?

    • li8592496
      li8592496发布于: 

      你说的应该是control吧,有一些疾病是没有control的,这个TCGA网站没有的话,只能去找一下其他的网站上有没有相应的数据集。可以去GEO等网站上去找找

发表评论