TCGA入门——数据下载、整合及简单应用
讲师介绍:
张丽梅
华东理工大学硕士,上海其明科研服务部生物信息研究员,负责生物信息学新算法的调研、开发及流程搭建,主攻 TCGA数据分析。
课程大纲:
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TCGA简介
1、带你熟悉新版TCGA界面
2、TCGA包含哪些数据,哪些是公开可用的?作为新手,下载什么水平的数据最易上手
3、TCGA文件ID介绍,让你不在懵圈
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实例演示TCGA数据下载、整合
1、单个癌症特定类型数据下载(基因表达数据),可直接下载或借助下载工具GDC Data Transfer Tool
2、R处理数据的基本操作——数据整合、ID对应
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TCGA简单应用——某种癌症的差异基因筛选
1、应用R进行差异表达基因筛选流程
2、使用R软件包进行差异表达基因统计分析、火山图和聚类图制作
附录:
课件、代码及数据下载:
链接: https://pan.baidu.com/s/1WYIUGmWA5kdxVhk2BEqISA 密码: ysi9
好棒的内容,学习课题思路,数据库使用,很实用的题材!!
请问下老师您查看txt文件的软件是啥啊?比记事本显示的更整齐更漂亮哎。
您好,老师用的软件名为Notepad++
老师您好!您说contral很难拿到,那没有contral怎么分析呢?
你说的应该是control吧,有一些疾病是没有control的,这个TCGA网站没有的话,只能去找一下其他的网站上有没有相应的数据集。可以去GEO等网站上去找找