TCGA入门——数据下载、整合及简单应用

讲师介绍：

张丽梅

华东理工大学硕士，上海其明科研服务部生物信息研究员，负责生物信息学新算法的调研、开发及流程搭建，主攻 TCGA数据分析。

课程大纲：

• TCGA简介

1、带你熟悉新版TCGA界面

2、TCGA包含哪些数据，哪些是公开可用的？作为新手，下载什么水平的数据最易上手

3、TCGA文件ID介绍，让你不在懵圈

• 实例演示TCGA数据下载、整合

1、单个癌症特定类型数据下载（基因表达数据），可直接下载或借助下载工具GDC Data Transfer Tool

2、R处理数据的基本操作——数据整合、ID对应

• TCGA简单应用——某种癌症的差异基因筛选

1、应用R进行差异表达基因筛选流程

2、使用R软件包进行差异表达基因统计分析、火山图和聚类图制作

附录：

课件、代码及数据下载：

链接: https://pan.baidu.com/s/1WYIUGmWA5kdxVhk2BEqISA     密码: ysi9