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lncRNA表观修饰方向的文章和思路解读

随着lncRNA研究的项目越来越多,结合历年中标的基金项目来看,lncRNA的表观遗传(甲基化)受到越来越多的关注,因为当甲基化降低,RNA稳定性降低,导致蛋白的稳定性改变,进而导致肿瘤的发生发展。

以一篇发表在CANCER CELL上的m6A甲基化的研究文章来具体看看lncRNA的表观修饰在肿瘤中的研究是如何做的。

这篇文章主要讲m6A的去甲基化酶ALKBH5通过稳定FOXM1的表达和细胞增殖来维持胶质母细胞瘤的干性。

文章主要描述了4点:

1、  ALKBH5在胶质母细胞瘤干细胞中呈高表达,同时ALKBH5高表达的胶质母细胞瘤患者生存率更差。

同时通过免疫荧光实验可以看出ALKBH5主要分布在SOX2区域,通过TCGA数据库中的数据可以看出ALKBH5与SOX2有线性相关性。

接着作者就进行了一些的干扰实验、软琼脂克隆实验都证实了这一点,并且在分子机制方向影响SOX2,Nestin表达。

为了进一步找到下游的分子,作者利用RNA-seq的方法,通过motif分析及m6A sequence的方法挑选出12个基因,最终利用系列表型挑出了FOXM1,并且FOXM1受sox2和nestin的调控,然后作者RT-PCR验证,结果吻合。

2、  ALKBH5能够对FOXM1基因的转录本进行去甲基化并增强FOXM1的表达

 

干扰掉ALKBH5后,检测FOXM1的各种转录本,并且在WB水平上检测,受到ALKBH5的调控,同时研究表明SOX2并不直接受ALKBH5调控。

分离ALKBH5阳性的干性细胞,FOXM1明显升高,干扰ALKBH5后FOXM1转录前体明显受到抑制,成熟体则不受影响,说明ALKBH5调控FOXM1的转录加工,分离细胞核、细胞质及染色质后检测到ALKBH5主要分布在染色质,并且结合HUR一起起作用。

同时通过IP和QPCR的方法均证实了该结果。

到这里是不是觉得实验都做完了?可是说好的长链非编码呢?

作者为了进行深入的研究,或者说为了发更高分的文章,在这里引入了长链非编码RNA FOXM1-AS并证实了其确实存在作用。

3、  FOXM1-AS促进FOXM1转录本与ALKBH5的相互作用

4、 得出结论:ALKBH5-FOXM1通路是GSC增殖及肿瘤发生的关键

 

lncRNA表观修饰方向的文章和思路解读

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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  1. peck82
    peck82发布于: 

    GCBI lncRNA最近比较火

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