基础科研

一键获取基因的TF,miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络

在做基因研究的时候,有时是不是苦于寻找其上下游调控基因,TF,miRNA等。数个数据库,N篇文献来回翻,才能辛辛苦苦拼起一张基因调控网络图。今天介绍个小工具——调控雷达,一键就可查实现查看某个基因的调控网络,内容涵盖其上下游调控基因,TF,miRNA,lncRNA。

如想知道CCL5的调控网络,怎么破?

进入GCBI中的基因雷达界面,输入CCL5,点击调控网络即可,与CCL5相关的转录因子、上下游基因(激活、激活表达)、miRNA和lncRNA全都显示在图中。

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想查看某一方面的信息,如就想看转录因子部分,点击掉左上角其余部分即可。点击图中圆圈,下方即可显示某个转录因子具体信息。

调控网络基于Pubmed,Mesh,KEGG等数据库,将已经有文献报道,数据挖掘以及数据库中的基因与基因、miRNA、TF、LncRNA的调控关系进行了整理,组成了现有的调控网络。

调控网络使用点这里

 

附录:

疾病雷达-查看某个基因和哪些疾病相关

基因雷达详细介绍

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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