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DNA测序-注释库列表

 

序号 数据库 简介
1  NCBI数据库中dbSNP子库 dbSNP(版本:v144)收录了所有物种中发现的短序列多态和突变信息,包括单核苷酸多态(SNP)、微卫星、小片段插入/删除多态等定位、侧翼序列和功能、频率信息。
2  NCBI数据库中Gene子库 基因数据库收录全部已测序物种的基因注释信息,包括基因的名称,染色体定位、基因编码产物(mRNA、蛋白质)情况、gene功能和相关文献信息等。
3  UCSC—Phastcons20way 通过多个物种见的全基因序列比对获得保守元件,每个元件有相应的分值,分值范围在0~1000,分值越大表明元件越保守。
4  Ensembl数据库中SIFT子库 SIFT预测一个氨基酸替换是否影响蛋白质功能,SIFT是一个非常流行的非同义突变SNP的注释软件,可以用一个分值指定SNP的功能重要性,若分值大于0.05被认为是良性的变异。
5  Ensembl数据库中polyphen子库 polyphen预测一个氨基酸替换是否影响蛋白质功能,若分值大于0.85说明很可能是有害变异,若分值在0.15-0.85之间说明可能是有害变异,若分值小于0.15说明是良性的变异。
6  miRBASE数据库 miRBase(v21)序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。
7  TargetScan数据库 TargetScan是miRNA靶基因数据库,是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。
8  DGV数据库 DGV为“Database of Genomic Variants”的简称,目的是提供人类染色体结构变异的概况信息,数据库记录了一系列基因变异与表型相关的信息。
9 Ensembl数据库HapMap子库 HapMap是人类基因组中常见遗传多态位点的目录,它描述了这些变异的形式、在DNA上存在的位置、在同一群体内部和不同人群间的分布状况。
10  1000 Genomes Project数据库 国际千人基因组计划,由中、英、美、德等国科学家共同承担研究任务,旨在绘制迄今为止最详尽的、最有医学应用价值的人类基因组遗传多态性图谱.
11  1000G(中国人群)数据库 以国际千人基因组计划为基础,旨在绘制迄今为止最详尽的、最有医学应用价值的中国人群的人类基因组遗传多态性图谱.
12  GWAS数据库 GWAS(Genome-wide association study),即全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中发现了特定基因、单个DNA突变与疾病的关联。
13  OMIM数据库 OMIM 为“Online Mendelian Inheritance in Man”的简称,即“在线《人类孟德尔遗传》”,OMIM数据库包括所有已知的遗传病、遗传决定的性状及其基因,除了简略描述各种疾病的临床特征、诊断、鉴别诊断、治疗与预防外,还提供已知有关致病基因的连锁关系、染色体定位、组成结构和功能、动物模型等资料,并附有经缜密筛选的相关参考文献。
14  COSMIC数据库 COSMIC是一个体细胞突变数据库,这个数据库显示了体细胞突变信息、包括相关的人类癌症信息。
15  NCBI数据库中Clinvar子库 ClinVar数据库是一个标准的、可信的、稳定的遗传变异和人类健康关系数据库,临床显著性包括致病性、非致病性、可能致病性、可能非致病性等等。
16 HGMD数据库 人类基因突变数据库(The Human Gene Mutation Database ) ,由英国卡迪夫大学开发,是目前唯一的、最全面的人类遗传性疾病相关的核基因germ-line突变数据库,包括3500多种的基因,93000多种与遗传性疾病相关的突变和多态性数据。
17 TRANSFAC数据库 TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等数据表构成。

 

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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