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功能和通路分析使用说明

GO涉及的基因和基因产物词汇分为三大类,涵盖生物学的三个方面:生物过程、细胞组分、分子功能。生物过程(biological process)指由一个或多个分子功能有序组合而产生的系列事件;在做差异筛选的时候一般是选择生物过程,因为生物过程给出的信息比较多,对于差异基因的选择来说,它能提供更多的信息。

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因(及其编码产物)间关系、基因功能、基因组信息的数据库,它有助于研究者把基因及表达 信息作为一个整体网络进行研究。

参数设置

点击编辑板中的“功能和通路分析模块”,在右侧进行参数设置,功能分析选择“GO分析”,可以继续设置分析类型,FDR值和P值,网站默认值:P<0.05且FDR<0.05。

通路分析选择“pathway分析”,然后设置P值,网站默认值:P<0.05

GO分析结果

在结果导航里选择GO分析结果,GO的分析结果包括富集分析图、显著性分析图、显著性GO列表。

在结果的右侧可以进行功能的筛选,根据显著性排序,P值和关键字进行筛选,得到目标结果。

富集分析图:

显著性分析图:

显著性GO 列表:

pathway分析结果

在结果导航里选择pathway分析结果,pathway的分析结果包括显著性分析图、显著性pathway列表。

在结果的右侧可以进行功能的筛选,根据显著性排序,P值和关键字进行筛选,得到目标结果。

显著性分析图:

显著性pathway 列表:

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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