方案设计

在方案设计页面，拖动“差异分析”模块到方案编辑板，对两个样本分组到差异分析模块之间进行连线。

参数设置

实验室&对照组设置：根据右侧显示调整，比较结果是实验组vs对照组。

Q值设置：Q值默认为0.05，推荐使用网站默认值。

注：Q值越高，筛选出差异基因越多，Q大于0.25得到的差异基因没有意义。

差异倍数设置：推荐使用网站默认值。

注：差异倍数越大，获得的差异基因越少。

根据样本情况，选择是否为配对比较。

分析结果

分析完成后进入方案，点击右上角的查看结果，进入结果页面，再点击左上角的“结果导航”，选择“差异基因”模块。这里差异分析结果有火山图、聚类图、差异基因列表。

差异火山图（Volcano Plot）：

在火山图中显示了两个重要的指标(Fold change/p-Value)，可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。

聚类图：

注：结果展示聚类图中，横坐标代表了分组间的样本名称，纵坐标代表了差异基因，因为差异基因过多，图中没有显示基因名称，图中红色代表差异基因在分组样本中表达值高，绿色代表差异基因在分组样本中表达值低。

差异基因列表：