帮助中心

分析模块的应用

GCBI在线实验室芯片方案中,为用户提供了8个模块,用户可以根据自己的分析目的,利用这些模块排列组合,形成个性化的分析方案。下面我们来介绍一下每个模块的应用。

模块具体应用方法

第一步:拖动样本分组模块至中间设计区域(至少拖动两个样本分组模块)

第二步:为样本分组模块在样本列表中更改样本名及为该样本分组选择您要分析的样本

1、点击您想选择的样本分组模块,如样本分组1,可以在右边区域为其修改名称及选择样本(即点击样本分组管理),选择好记得点击右下角样本组设置按钮

第三步:选择差异分析,直接拖动到样本分组下面,并用连接线(即折线)将样本分组与差异分析连接起来,同时设置差异分析名称和参数(差异分析是后面所有分析基础)(注意运用分析模块方法,先拖动模块到方案设计区域,然后再用连接线将其与要上游模块连接起来)

第四步:选择您要做的分析,同样将其拖动到中间方案设计区域,并用连接线(即折线)连接起来,并设置相关参数

 

模块名称

应用

上游模块

下游模块

折线

用于连接各个模块,形成方案

样本分组

 

用于承载分析样本 最上游模块 差异分析模块

差异分析

用于进行组间的差异比较 样本分组模块 靶基因预测(仅限miRNA);

趋势分析(3分组及以上);

功能和通路分析(仅限mRNA);

网络分析;

交并扣

靶基因预测

 

用于预测miRNA的靶基因 差异分析(仅限miRNA) 功能和通路分析(仅限mRNA);

网络分析

趋势分析

用于3分组及以上的差异结果进行趋势分析 差异分析 功能和通路分析(仅限mRNA);

靶基因预测(仅限miRNA);

网络分析

功能与通路分析

 

对编码基因进行功能分析和通路分析 差异分析(仅限mRNA);

交并扣(仅限mRNA)

网络分析;

交并扣

网络分析

pathwayRelationNetwork——

基于kegg数据库分析通路之间的相互作用关系

通路分析
geneSignalNetwork——基于kegg数据库分析编码基因之间的相互作用关系 差异分析(仅限mRNA);

功能与通路分析;

交并扣(仅限mRNA);

geneCoexpressionNetwork——根据样本表达值计算编码基因间的共表达关系 差异分析(仅限mRNA);

功能与通路分析;

交并扣(仅限mRNA);

注:样本数量大于6

lncRNA-Gene-Network——根据样本表达值计算非编码和编码基因间的共表达关系 差异分析;

功能与通路分析;

交并扣(仅限mRNA);

趋势分析(仅限mRNA和lncRNA);

注:样本数量大于6

miRNA-Gene-Network——microRNA与其靶基因之间的靶向关系网络图展示 靶基因预测;

功能与通路分析;

差异分析(仅限mRNA)

miRNA-GO-Network——microRNA与其靶基因的功能之间的关系网络展示 靶基因预测;

功能与通路分析

交并扣

 

对其上游两个数据集中的基因取交集,并集或扣除操作 差异分析;

功能与通路分析

功能与通路分析;

靶基因预测(仅限miRNA);

网络图

 

 

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

热评文章

发表评论