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操作流程介绍

GCBI实验室可以在线进行基因芯片的数据分析(GCBI支持分析的芯片类型),在GCBI,您只需要一杯咖啡的时间就可以完成以往半个月才能完成的分析,在GCBI实验室,不需要R也不需要perl,不需要cluster和cytoscape,只需要拖动模块和点击操作即可完成复杂的生物信息分析。

要完成一个分析,先进行下面的七个步骤。

第一步:进入实验室

打开GCBI网站(www.gcbi.com.cn),登陆后进入实验室。

第二步:新建实验室

点击左上角“创建实验室”,填写实验室名称,研究领域以及实验室简介信息后点击创建实验室。

第三步:新建项目

点击实验室名称进入实验室,点击新建项目按钮,填写项目的名称、概述和标签等内容,同一个实验室可以创建多个项目。

第四步:上传样本

在GCBI进行数据分析首先要有数据,获得数据的途径有2个,分别是上传自有样本和使用GEO公共数据。GCBI芯片实验室目前只支持(.CEL)格式的文件,该文件主要来源于Affymetrix芯片所产生的原始文件。GCBI支持分析的芯片类型

数据获取

GCBI实验室支持的芯片CEL文件可以基于自己检测,也可以基于NCBI的GEO数据库获取。在找到对应支持类型的芯片数据集后,可以通过NCBI的GSE数据集详情页下载数据并上传到实验室中进行数据使用。

上传样本

可以通过点击样本按钮->-芯片样本上传>选择样本文件->选择文件进行上传。

第五步:新建方案

实验室和项目是为了把不同的课题或者研究者分开,方案才是做分析的关键,最终进行分析的模块编辑操作都在方案中进行。

页面中点击“新建”按钮,填写方案名称,选择分析类型,选择导入芯片的物种,编辑方案描述,点击创建方案,即可在页面中看到新建的方案。

第六步:运行方案

1.设计分析思路图

点击方案名称,进入方案,利用左侧分析模块,搭建分析流程。(分析方案可以参考示范实验室)

左侧分析模块使用帮助请点击 分析模块的应用

模块说明:1、设置筛选的参数条件,并在设定的分组比较下筛选出具有显著性差异的基因

2、若用户采用差异数量来作为输入参数,则系统将根据Q值和差异倍数(FC)来筛选不大于“差异数量”个差异基因

2.选择样本

3.执行方案

第七步:查看结果

方案运行成功后,方案页面显示执行成功,点击方案名称进入,点击查看结果即可查看分析结果。

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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