基础科研

数据库介绍之Bio-GPS、GEO和GCBI

Bio-GPS

Bio-GPS是一个免费的统筹和查询基因注释的新资源,其基因注释包含了公共资源的信息及诺华研究部门所生成的数据, 并具有开放的插件界面和自定义用户界面。用户可以根据大部分公共符号或accession number来寻找基因能够自定义页面,以突出显示最常用的资源。网站界面图如下:

那这个网站和其他数据库对比优势在哪呢?在芯片、新一代测序等实验中,如何去了解发现的一些候选基因?在BioGPS中,可以在一个程序和界面下呈现各个分散数据库的数据资源,不需要再一个个分门别类去查询。如在BioGPS中查找关于乳腺癌的基因FOXM1,查询结果如下图

 

GEO

NCBI旗下的GEO(gene expression omnibus)是一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。输入关键词和GEO Assension即可查到相关样本信息。

附:三步搞定GEO数据上传

GCBI

在GCBI平台,在样本中查询输入关键词也可链接到GEO数据库,并可直接发送到GCBI实验室进行再次分析。

本文由 GCBI学院 作者:其明技术专家 发表,转载请注明来源!

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1 条评论,访客:1 条,博主:0 条
  1. peck82
    peck82发布于: 

    GCBI数据库很好用,我已经使用发表了2篇文章

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