方法
肿瘤/病毒抗原HLA复合物蛋白测序简称——pMHC蛋白测序，通过该技术将发现细胞毒T细胞攻击的胞内靶抗原。pMHC蛋白测序的主要方法是基于LC-MS/MS的蛋白质从头测序，将pMHC中的MHC-I进行蛋白测序，确定MHC-I亚型结果，确定其中多肽结构。
通过收集不同亚型患者的血液标本、组织标本，该技术将提供免疫细胞作用的靶点证据，从而获得真实世界中的细胞毒T细胞结合的目标靶蛋白复合物特征。该方法主要通过三步完成：
- 从培养细胞、PBMC、组织中获得总蛋白
- 使用HLA-I型IP功能抗体，免疫共沉淀HLA-I多肽复合物
- HLA-I复合物的LC-MS/MS分析
- 质谱数据分析
应用于T细胞特异性识别的病毒靶抗原发现的案例
使用pMHC蛋白测序针对新冠病毒疫苗的人群测试，研究发现了26中HLA-I型分子和36种HLA-II型分子结合的多肽。在这些多肽种，有的是多种细胞共同表达的多肽类型，有的多肽来自于病毒编码蛋白开放读码框以外的区域。其中，7种多肽被之前研究证实具有免疫原性，新发现2种免疫原性多肽，并已通过HLA多聚体流式检测所证实。
Profiling SARS-CoV-2 HLA-I peptidome reveals T cell epitopes from out-of-frame ORFs. Cell, 2021
Identification of presented SARS-CoV-2 HLA class I and HLA class II peptides using HLA peptidomics. Cell Rep, 2021
应用于T细胞特异性识别的肿瘤靶抗原发现的案例
发现呈递到肿瘤细胞表面的肿瘤多肽对应免疫治疗性抗体、免疫治疗细胞和疫苗的研究非常关键。一般方法时，突变蛋白表达于对应的HLA转染细胞后，使用HLA抗体免疫共沉淀获取HLA-抗原肽复合物，而后使用LC-MS/MS方法测定HLA-抗原肽复合物中HLA的类型和突变蛋白的多肽类型，从而精确鉴定出肿瘤靶点蛋白的结构，才能针对性设计攻击抗体和细胞。
参考文献：Direct Detection and Quantification of Neo-antigens. Cancer Immunol Res. 2020.
为了研究KRAS突变的表位特征，使用pHLA的蛋白测序，发现了呈递给免疫细胞的单链HLA多肽复合物中的KRAS表位肽段，从而为KRAS突变蛋白为靶点的肿瘤治疗方法提供精细的目标
参考文献：Biochemical and functional characterization of mutant KRAS epitopes validates this oncoprotein for immunological targeting. Nature Communications, 2021
订购指南
其明生物信息现推出肿瘤/病毒抗原HLA复合物蛋白测序、HLA-I型IP抗体订购，通过HLA复合物蛋白测序后选购四聚体，将更加精准地帮助用户定位肿瘤/病毒抗原的所在细胞。欢迎大家通过销售技术专家沟通服务订购需求
本文由 GCBI学院 作者：其明技术专家 发表，转载请注明来源！
