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数据集获取与上传

在GCBI的分析实验室进行芯片数据分析需要有芯片的CEL文件才可以进行实验室的使用。

GCBI的分析实验室支持的芯片类型有:GCBI支持分析的芯片类型

用户可以获得芯片CEL的途径有:

1.检测对应芯片的自有CEL文件。

2.基于NCBI的GEO数据库数据下载获得的CEL文件。

GEO数据库CEL文件数据获得方法

用户在基于文献检索和查看确保是目标数据集后。可以通过GCBI的文献详情也查看到文献对应的数据集相关内容。

在确保平台是GCBI支持分析的芯片类型的前提下,可以通过直接点击标题名称 或者通过网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/?term= ;输入目标数据集的GSE编号,或者数据集的名称(不是文献名称)进行数据查找,然后进入数据集详情页。

在数据集详情页的最下方找到TAR (of CEL),点击前面Http进行CEL文件的下载。所有CEL文件均为.CEL结尾,如果是压缩包的形式需要解压。

上传样本

用户在获取芯片的CEL文件后,可以在实验室的项目中通过点击样本按钮->-芯片样本上传>选择样本文件->选择文件进行上传。

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本文由 GCBI学院 作者:Lina 发表,转载请注明来源!

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