单细胞测序

盘点丨单细胞测序8月发表了哪些文献

九月刚一开始,后台就已经有小伙伴开始催更八月份的单细胞测序高分文献盘点,表示等不及了。
那就开始本月的文献盘点吧。以下文章照旧按影响因子高低进行排列:
1
IF:43
标题:Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human implantationPMID:31435013

发表期刊:Nature

影响因子:43.07

发表时间:2019 Aug 21

摘要:着床是哺乳动物胚胎发生过程中的一个里程碑事件。着床失败是导致人类早期妊娠失败的一个重要原因。由于体内着床后很难早期获取人类胚胎,目前尚不清楚基因调控网络和表观遗传机制如何控制着床过程。本文结合体外培养的人胚胎着床后发育系统和单细胞多组学测序技术,对65例人胚胎着床前后8000多个单个细胞进行了系统分析。转录组数据的无监督降维和聚类算法显示了外胚层、原始内胚层和滋养外胚层谱系的逐步着床路径,表明着床过程中为正确建立母子连接做了充足的准备。通过对着床过程中亲代X染色体连锁基因等位基因特异性表达的分析,发现女性胚胎开始出现随机X染色体失活。值得注意的是,使用单细胞三重组学测序分析,原始内胚层谱系细胞基因组的再甲基化,在着床过程中比外胚层和滋养层谱系细胞的再甲基化要慢得多,这表明,在原始内胚层和外胚层的DNA甲基化体中有明显的重建特征,尽管这两种谱系都来自于内细胞团。总的来说,本研究对调控人类胚胎着床的复杂分子机制进行了深入探讨,并有助于推进未来关于早期胚胎发育和生殖医学的研究。
2
IF:43
标题:Conserved cell types with divergent features in human versus mouse cortexPMID:31435019

发表期刊:Nature

影响因子:43.07

发表时间:2019 Aug 21

摘要:阐明人类大脑皮层的细胞结构对于理解我们的认知能力和对疾病的易感性至关重要。在这里,作者使用单核RNA测序分析对人类大脑皮层颞中回(middle temporal gyrus)的细胞类型进行了全面的研究。作者确定了高度多样化的兴奋性和抑制性神经元类型,这些类型大多数是稀疏的,尤其是兴奋性类型的层数限制比预期的要少。与类似的小鼠皮质单细胞RNA测序数据集的比较揭示了一种令人惊讶的高度保守的细胞结构,这种结构能够匹配同源类型、预测人类细胞类型的特性。尽管存在这种普遍的保守性,作者也发现了对应的人和小鼠细胞类型之间存在广泛差异,包括显著的比例变化、层流分布、基因表达和形态。这些物种特有的特征强调了直接研究人脑的重要性。
3
IF:43
标题:Locally renewing resident synovial macrophages provide a protective barrier for the jointPMID:31391580

发表期刊:Nature

影响因子:43.07

发表时间:2019 Aug 07

摘要:巨噬细胞被认为是类风湿关节炎等慢性炎症性疾病的诱因。然而,巨噬细胞在炎症性关节疾病中的确切起源和作用仍不清楚。在这里,作者使用命运映射方法结合三维光片荧光显微镜技术和单细胞RNA测序对健康和炎症关节内巨噬细胞亚群的组成、起源和分化进行了全面的时空分析,并研究了这些巨噬细胞在关节炎的角色。本研究发现由不同的CX3CR1+驻留性组织型巨噬细胞组成的动态膜样结构在滑膜衬里形成了一个内部免疫屏障,并在物理上隔离关节。这些形成屏障的巨噬细胞表现出上皮细胞特有的特征,并通过嵌入滑膜组织的局部增殖的CX3CR1单核细胞库维持其数量。与积极参与关节炎症的单核细胞来源的巨噬细胞不同,这些上皮样CX3CR1+滑膜衬里层巨噬细胞通过为关节内结构提供紧密连接介导的屏障来限制炎症反应。作者的研究数据揭示了滑膜巨噬细胞间意想不到的功能多样化,并对巨噬细胞在健康和疾病中的一般作用具有重要意义。上海其明信息技术有限公司

来自公众号:GCBI知识库

4
IF:30
标题:Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockadePMID:31359002

发表期刊:Nat Med

影响因子:30.641

发表时间:2019 Jul 29

摘要:阻断T细胞上抑制性检查点受体的免疫疗法已经改变了癌症患者的临床护理。然而,T细胞对检查点阻断的反应是否依赖于先前存在的肿瘤浸润淋巴细胞的再激活或新T细胞的募集仍不清楚。在这里,作者对来自抗PD-1治疗前后基底或鳞状细胞癌患者的位点匹配肿瘤的79,046个细胞进行了成对的单细胞RNA和TCR测序(single-cell RNA and T cell receptor sequencing)。追踪T细胞受体克隆和转录表型发现肿瘤识别、克隆性扩增和T细胞功能障碍的偶联,以CD8+CD39+T细胞克隆性扩增为标志,它们共同表达慢性T细胞活化和衰竭的标志物。然而,T细胞克隆的扩增并不是来自于先前已存在的肿瘤浸润性T淋巴细胞;相反,扩增的克隆由以前未在同一肿瘤中观察到的新的克隆类型组成。在CD8+T细胞衰竭的患者中优先观察到T细胞的克隆替换,并且在患有基底或鳞状细胞癌的患者中较明显。这些结果表明,先前存在的肿瘤特异性T细胞可能具有有限的再生能力,并且T细胞对检查点阻断的反应来自可能刚刚进入肿瘤不久的一系列不同的T细胞克隆库。
5
IF:30
标题:Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysisPMID:31359001

发表期刊:Nat Med

影响因子:30.641

发表时间:2019 Jul 29

摘要:在各种刺激下,血管平滑肌细胞(SMCs)可以去分化、增殖和迁移,这一过程被称为表型转化。然而,在动脉粥样硬化过程中SMC的体内表型转化以及这一过程对冠状动脉疾病(CAD)风险的影响尚未明确。研究人员利用单细胞RNA测序全面表征了小鼠和人动脉粥样硬化病变中SMC体内表型转化的转录组,发现这些细胞转化为独特的成纤维细胞样细胞,称为“fibromyocyte”,而不是经典的巨噬细胞表型。SMC特异性敲除TCF21(一种导致CAD基因)可显著抑制小鼠SMC表型转化,从而导致病变内以及病变的保护性纤维帽内的fibromyocyte减少。此外,TCF21的表达与病变冠状动脉的SMC表型转化密切相关,并且TCF21的较高水平表达与人类CAD相关组织中CAD风险的降低相关。这些结果确立了TCF21和SMC表型转化在该疾病中的保护作用。
6
IF:23
标题:Molecular mechanisms of lineage decisions in metabolite-specific T cells.PMID:31431722

发表期刊:Nat Immunol.

影响因子:23.53

发表时间:2019 Aug 20

摘要:粘膜相关不变T细胞(MAIT细胞)识别由MHC Ib类分子MR1呈递的微生物代谢物5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil(5-OP-RU)。MAIT细胞在胸腺发育过程中获得效应器功能,但尚不清楚其所涉及的机制。在这里,作者使用单细胞RNA测序来表征5-OP-RU特异性胸腺细胞的发育路径。除了在骨髓来源的造血细胞上选择的已知MAIT1和MAIT17效应亚群之外,作者还鉴定了在胸腺上皮细胞上选择并分化为CD44-初始T细胞的5-OP-RU特异性胸腺细胞。MAIT细胞阳性选择需要通过衔接蛋白SAP发出信号,而SAP控制转录因子ZBTB16的表达。单个细胞的伪时间排序分析揭示了选择在胸腺上皮细胞或造血细胞上的5-OP-RU特异性胸腺细胞的转录轨迹,得到的模型说明了T细胞的谱系决定。
7
IF:23
标题:An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 developmentPMID:31406377

发表期刊:Nat Immunol

影响因子:23.53

发表时间:2019 Aug 12

摘要:经典的1型树突状细胞(cDC1s)是抗病毒和抗肿瘤免疫所必需的,因此我们需要了解它们的发展过程。cDC1祖细胞的发育需要E蛋白依赖的增强子,其位于转录因子 Irf8 (+41-kb Irf8enhancer)转录起始位点下游的41 kb,但其成熟反而需要Batf3依赖的Irf8下游32kb处的增强子。为了理解这种转变,作者对共同的树突状细胞祖细胞(CDP)进行了单细胞RNA测序,并鉴定了表达影响cDC1发育的转录因子的细胞簇,例如Nfil3、Id2和Zeb2。这些因子中的遗传上位性揭示了从Zeb2hi和Id2lo CDPs到Zeb2lo和Id2hiCDPs的转变需要Nfil3表达,这两种CDPs代表最早定型的cDC1祖细胞。这个遗传回路阻断E蛋白的活性以遏制浆细胞样树突状细胞的分化潜能,并解释了cDC1发展过程中Irf8增强子使用的转变。上海其明信息技术有限公司

来自微信公众号:GCBI知识库

8
IF:21
标题:Single-Cell Survey of Human Lymphatics Unveils Marked Endothelial Cell Heterogeneity and Mechanisms of Homing for NeutrophilsPMID:31402260

发表期刊:Immunity

影响因子:21.522

发表时间:2019 Aug 01

摘要:淋巴管是调节人类健康和疾病的重要组成部分。虽然它们的功能意义日益被认可,但淋巴管的综合异质性仍未得到表征。本研究通过单细胞RNA测序对人类淋巴结(LNs)中33,000个淋巴管内皮细胞(LECs)进行分析。无偏差聚类揭示了人类LEC的六种主要类型。LNS包膜下窦(SCS)的LECs大量表达中性粒细胞趋化因子,而髓窦(MS)的LECs表达C型凝集素CD209。碳水化合物Lewis X(CD15)与CD209介导的中性粒细胞的结合体与MS发生结合。MS LECs的中性粒细胞的选择性归巢可以将中性粒细胞保留在LN髓质中,并允许清除淋巴传播的病原体,防止它们通过人类的LN进行传播。该研究结果提供了LEC异质性的全面表征,并揭示了髓样LECs在人类免疫中的先前未定义的作用。
9
IF:21
标题:Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem CellsPMID:31422913

发表期刊:Cell Stem Cell

影响因子:21.464

发表时间:2019 Aug 08

摘要:胃体上皮是胃肠道最厚的部分,并且迅速翻转过来。现已提出了几种用于峡部和基部区域的胃体干细胞的标记物。然而,峡部干细胞(Isthmus stem cells,IsthSCs)的身份以及不同干细胞群之间的相互作用仍然存在争议。在这里,基于无偏的遗传标记和生物物理建模,作者表明人体的腺体被划分为两个独立的区域,缓慢循环干细胞维持基础,积极循环干细胞通过“间断”中性漂移动力学过程维持凹-峡部-颈部(pit-isthmus-neck )区域。基于Stmn1 和 Ki67 表达的独立谱系示踪证实,快速循环的IsthSCs维持着凹-峡部-颈部区域。最后,单细胞RNA测序(RNA-seq)分析用于确定单个循环IsthSC群体的分子身份和谱系关系。这些观察结果定义了IsthSCs的特性和功能行为。以上就是本期的单细胞研究八月发表高分文献盘点了,你有什么想法?欢迎底部留言交流。

 
 
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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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