单细胞测序

盘点丨单细胞测序4-5月发表了哪些文献

 
单细胞研究如火如荼,还不知道如何研究怎么办? 

当然是看文献啦 ,

小编给各位搜集了4、5月份新鲜出炉的高分文献。 

希望能给你们带来灵感~  
以下文章按照影响因子高低进行排列:
1
IF:41
标题:Single-cell genomics identifies cell type-specific molecular changes in autism.PMID:31097668

发表期刊:Science

影响因子:41.058

发表时间: 2019-5-17

摘要:尽管自闭症具有临床和遗传异质性,bulk基因表达研究表明自闭症患者的新皮质变化会聚集在共同的基因和途径上。然而,最近开始直接评估受自闭症影响的大脑中的特定细胞类型。作者通过对来自患有自闭症谱系障碍(autism spectrum disorder, ASD)和没有患有ASD的人的10万多个脑细胞进行单细胞核RNA测序,发现在自闭症中,上层兴奋性神经元的突触信号传导和小胶质细胞的分子状态优先受到影响。此外,皮质-皮质投射神经元中特定基因组的表达异常程度与自闭症的临床严重程度相关。
2
IF:41
标题:Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail.PMID:31097661

发表期刊:Science

影响因子:41.058

发表时间:2019-5-17

摘要:与哺乳动物不同,非洲爪蟾(Xenopus laevis)蝌蚪具有很高的再生潜力。为了描绘这种再生反应,研究人员对其尾部截肢后进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。通过比较天然存在再生能力和无能力的蝌蚪,确定了一种以前未被认识的细胞类型,作者称之为再生组织细胞(ROC)。ROC在正常尾部发育期间存在于表皮中,并且特别地重新定位于具有再生能力的蝌蚪的截肢平面,形成伤口表皮。遗传消融或手动切除ROC可阻断再生,而含ROC的移植物的移植诱导早期胚胎的异位生长。转录分析显示ROC分泌关键再生途径相关的配体,向祖细胞发信号以重建丢失的组织。 

 

3
IF:41
标题:Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex.PMID:31073041

发表期刊:Science

影响因子:41.058

发表时间:2019-5-10

摘要:在皮质发生过程中,不同的神经元亚型依次从心室区祖细胞中诞生。人们对这些祖细胞如何设法在正确的时间在正确的位置产生特定类型的神经元知之甚少。作者使用高时间分辨率的单细胞RNA测序(scRNA-seq)来追踪小鼠胚胎中的顶端祖细胞(AP)及其子代神经元的分子身份的谱系。我们确定了一组核心的进化保守的,时间上有图案的基因,这些基因将AP从内部驱动到更具外部的状态。我们发现Polycomb阻遏复合物2(PRC2)表观遗传地调节AP时间进展。胚胎年龄相关的AP分子状态作为连续的基态传递给它们的后代,在其上应用基本上保守的早期有丝分裂后分化程序,并且由后来发生的环境相关信号补充。因此,存在于祖细胞中的表观遗传学调节的时间分子胎记在其有丝分裂后代中起作用以导致成体神经元多样性。 

4
IF:31
标题:A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia.PMID:31130381

发表期刊:Cell

影响因子:31.398

发表时间:2019-5-23

摘要:间质几乎是每个器官的非实质成分,在器官发育、稳态和修复中起着关键作用。对骨髓间质的研究已经定义了干细胞巢的个体群体,而干细胞巢可调节造血再生并引发白血病。作者利用单细胞测序技术(scRNA-seq)对骨髓间质进行细胞分类,稳态条件下定义了6大类、17个间质细胞亚群,分析了谱系分化关系。同时,急性髓系白血病损伤间充质成骨分化过程,下调造血过程所需的调控分子,揭示了癌细胞调控特定间质细胞,损伤正常组织功能,以促进成癌过程。 

 

5
IF:31
标题:Adaptive Immune Resistance Emerges from Tumor-Initiating Stem CellsPMID:31031009

发表期刊:cell

影响因子:31.398

发表时间:2019-4-25

摘要:我们的身体配备了强大的免疫监视功能,可以清除癌细胞。我们对于形成和传播癌症的肿瘤起始干细胞(tSCs)如何装备自己、克服这一障碍仍然知之甚少。为了解决这个问题,研究者设计了一种鳞状细胞癌(SCC)的皮肤癌模型,可以通过基于过继细胞毒性T细胞转移(ACT)的免疫疗法进行有效的挑战。利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和谱系示踪,研究者发现响应转化生长因子β(TGF-β)的tSCs在抗ACT方面具有优势,是肿瘤复发的根源。研究人员进一步探索机制,发现在恶性肿瘤期间,tSCs选择性地获得CD80(一种先前在免疫细胞上发现的表面配体)。此外,在接触细胞毒性T淋巴细胞抗原-4(CTLA4)时,表达CD80的tSC直接抑制细胞毒性T细胞活性。相反,在CTLA4-或GF-β阻断免疫疗法或Cd80消融后,tSC变得脆弱, ACT治疗后肿瘤复发减少。该研究结果使tSCs成为激活免疫检查点通路的关键。 

 

6
IF:11
标题:Mechanisms of lymphoma clearance induced by high-dose alkylating agentsPMID: 31040105

发表期刊:Cancer discovery

影响因子:24.373

发表时间:2019-4-30

摘要:近60年前,人们描述了高剂量环磷酰胺对某些高级别淋巴瘤的非凡作用。在这里,作者讨论了在真正的人类双重淋巴瘤中介导环磷酰胺活性的机制。环磷酰胺在体内BM驻留淋巴瘤细胞中诱导ER应激,导致ATF4介导的VEGF-A旁分泌,大量巨噬细胞浸润和阿仑单抗调理细胞的清除。环磷酰胺处理后分离的BM巨噬细胞具有更强的吞噬能力,其被VEGF-A阻断或SYK抑制所逆转。这些巨噬细胞的单细胞RNA测序(scRNA-seq)鉴定了表达CD36 / FcgRIV的“超吞噬”亚群。总之,这些发现定义了一种新的机制,高剂量烷化剂可通过该机制促进巨噬细胞依赖性淋巴瘤清除。
7
IF:23
标题:Single-Cell Analysis of the Liver Epithelium Reveals Dynamic Heterogeneity and an Essential Role for YAP in Homeostasis and Regeneration.PMID:31080134

发表期刊:Cell Stem Cell

影响因子:23.29

发表时间:2019-5-1

摘要:肝脏在损伤后基本可以再生,主要的上皮细胞类型(肝细胞和胆管上皮细胞(BECs))在实质再生中起重要作用。除了代谢功能,BEC表现出相当大的可塑性,并且在某些情况下可以驱动肝脏再增殖。作者通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)检测平衡和受伤后的BEC和肝细胞异质性。我们没有发现转录所定义的祖细胞样BEC的证据,而是发现了显著的稳态BEC异质性,它反映了Yap依赖的程序的波动激活。这一转录标志定义了动态平衡期间的动态细胞状态,并且对损伤具有高度响应性。YAP信号传导是由生理胆汁酸(BA)诱导的,是响应BA暴露的BEC存活所必需的,并且是损伤后肝细胞重编程为胆管祖细胞所必需的。总之,这些发现揭示了导管上皮内的分子异质性,并揭示了YAP是哺乳动物肝脏中的保护性变阻器和再生调节剂。
8
IF:23
 标题:YAP, but Not RSPO-LGR4/5, Signaling in Biliary Epithelial Cells Promotes a Ductular Reaction in Response to Liver Injury.PMID:31080135

发表期刊:Cell Stem Cell

影响因子:23.29

发表时间:2019-5-7

摘要:胆管上皮细胞(BEC)在肝脏中形成胆管,且是兼性肝干细胞,其通过导管反应(DR)支持损伤后的肝再生。肝损伤可诱导门脉周围LGR 5+可能形成BEC样类器官的肝干细胞,提示RSPO-LGR 4/5介导的WNT/β-catenin活性对DR非常重要。作者通过在BEC样器官中进行基于CRISPR的功能性缺失筛选,然后进行体内验证和单细胞RNA测序(scRNA-seq),解决了DR 中此信号通路和其他信号通路的作用。研究结果突出了BEC库内的异质性,描绘了DR中涉及的信号传导途径,并阐明了损伤诱导的门静脉LGR5 +细胞的身份和作用。 

 

9
IF:22
标题:Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry.PMID:31061532

发表期刊:nature immunology

影响因子:21.809

发表时间:2019-5-6

摘要:为了确定在类风湿性关节炎(RA)中引起关节炎症的细胞群,作者对来自RA或骨关节炎(OA)患者的51个滑膜组织样品的T细胞、B细胞、单核细胞和成纤维细胞进行单细胞RNA测序(scRNA-seq),质量细胞计数, bulk RNA测序(大量细胞测序)和流式细胞检测。利用基于5,265个scRNA-seq图谱典型相关分析的综合策略,作者鉴定了18个独特的细胞群。这些群体可能是RA发病的关键介导因子。
10
IF:20
标题:A single-cell atlas of mouse brain macrophages reveals unique transcriptional identities shaped by ontogeny and tissue environment.PMID:31061494

发表期刊:nature neuroscience

影响因子:19.912

发表时间:2019-5-6

摘要:大多数大脑巨噬细胞被称为小胶质细胞。但除了小胶质细胞,大脑中还有其他几种巨噬细胞。虽然实质小胶质细胞在脑内稳态和疾病中的作用相当明显,但仍不太了解其他驻留大脑的髓系细胞。作者通过解剖边界区域并结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)与高维细胞计数、Bulk RNA测序、命运映射和显微镜,揭示了非实质脑巨噬细胞的多样性。存在于硬脑膜,硬膜下脑膜和脉络丛中的边界相关巨噬细胞(BAM)由具有组织特异性转录特征的不同亚群组成,且细胞组成在出生后发育期间发生改变。BAM表现出混合个体发育,各亚群在耗竭和再增殖后表现出明显的自我更新能力。单细胞和命运映射分析均表明存在独特的小胶质细胞亚群位于脉络丛上皮的顶端表面。大脑巨噬细胞的功能会因其解剖位置的不同而发生很大的变化,这表明巨噬细胞具有广泛的功能。该研究提供了理解健康/患病大脑中宿主-巨噬细胞相互作用的框架。
11
IF:17
标题:HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness.PMID:31068444

发表期刊:SCI Transl Med

影响因子:16.71

发表时间:2019-5-8

摘要:类风湿性关节炎(RA)是一种以慢性关节炎症为特征的自身免疫性疾病,巨噬细胞在类风湿性关节炎中起关键作用。而大家对人体组织中巨噬细胞表型的详细了解是有限的。作者运用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)在患有自身免疫性疾病类风湿性关节炎的患者的关节中定义了约影响1%数目的巨噬细胞亚群。其中,将富集在RA组织中并由驻留成纤维细胞和细胞因子-肿瘤坏死因子(TNF)形成的亚群称为HBEGF+亚群。这些巨噬细胞以表皮生长因子受体依赖方式促进成纤维细胞侵袭,表明在这种炎症环境中细胞间串扰重塑了两种细胞类型并有助于成纤维细胞介导的关节破坏。在离体滑膜组织测定中,用于治疗RA患者的大多数药物靶向HBEGF +炎性巨噬细胞;然而,在某些情况下,药物将它们重新定向到预期不会消除炎症的状态。本研究有助于阐明RA患者的巨噬细胞表型和巨噬细胞-成纤维细胞相互作用,对于治疗靶向有一定的指导意义。
以上就是本期的文献盘点,你们有什么看了之后有什么想法,欢迎留言讨论!
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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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