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生物标记物(基因)联合诊断模型的stata实现ROC(AUC)

Google了所有的网页,竟不得《联合诊断模型的stata实现》,这年过的,但这难不倒猴哥。

 

**数据格式

 

status       scn3b        trim9        slc35f3     rundc3a

0       52.089      188.512   1.65362   69.452

1       69.6097   106.403   3.97769   33.8104

0       20.3639   8.72739   1.93942   54.3038

0       23.0293   21.59        .719667   19.431

0       30.1494   30.1494   3.54698   151.634

1       6.63477   3.98086   1.32695   5.30782

0       30.216      27.1944   0       3.0216

0       6.28672   51.5511   1.25734   11.3161

0       20.0969   16.3287   12.5605   46.474

0       19.7226   21.6009   0       35.6885

0       19.0801   68.0247   .82957      7.46613

0       6.13364   45.5642   0       1.75247

0       4.69095   3.51821   2.34547   8.20916

0       7.89471   15.7894   .7177        15.0717

0       10.1261   11.1387   0       5.06303

*************截图如下

**数据说明:status 是分类信息,scn3b   trim9        slc35f3     rundc3a分别代表4个gene

 

*************说明   .XXXX为stata命令项,在stata中输入XXX

sum

****在stata中输入 sum,看一下数据情况

//以status为分类变量, 分别画ROC曲线

roctab status scn3b ,graph

roctab status trim9 ,graph

roctab status slc35f3 ,graph

roctab status rundc3a ,graph

//对比多条ROC曲线曲线下面积

roccomp status scn3b trim9 slc35f3 rundc3a

//和标准ROC曲线做对比检验,默认scn3b

rocgold status scn3b trim9 slc35f3 rundc3a

//单个gene诊断模型roc曲线,联合诊断模型roc曲线分别绘制单个gene诊断roc曲线

roccomp status scn3b trim9 slc35f3 rundc3a ,g

//经过线性模型拟合,我们绘制出 线性模型联合诊断模型 roc 0.625

//经过适当代码整理,我们绘制出联合诊断roc曲线,您可以随意调整颜色哦!

//调整为红色

那么问题来了,学习jimmy老师,布置作业,本处不公布全部代码,简短回答下列问题后,在FreescienceMeta群(如下二维码)中公布数据和代码。

1联合诊断roc曲线到底是如何实现的?(全程数据、代码讲解)

2 为什么线性拟合 ROC 只有0.6254,好像最少?

3 线性模型拟合为何不满意,还可以做哪些模型?

4单个基因诊断效能到底如何,60%?70%?

5 如何达到最好的诊断效能,建立最好的模型?

 

猴哥静静地在那里录制着视频,数据代码给你先!!!

大家也可以在评论区讨论哦

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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