单细胞测序

最新成果丨Cell杂志单细胞测序文章发现新的树突状细胞亚型

​2019年10月24日Cell杂志在线发表文章Transcriptional Basis of Mouse and Human Dendritic Cell Heterogeneity。文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了“bulk” RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因子),而且研究表明这一发现在人和小鼠中是保守的。

DC细胞是连接哺乳动物先天免疫和获得性免疫的重要桥梁,在精确组织协调先天免疫的T细胞免疫起始和效应T细胞谱系的分化方面起着至关重要的作用。

以往DC细胞依据细胞表型marker和启动CD8 T细胞与CD4 T细胞中的不同功能被分为两类:cDC1和cDC2。cDC1的转录调控和功能已经很清楚,而且以往的单细胞测序研究已经验证了cDC1细胞是同质的细胞群体( (2017). Single-cell RNA seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors. Science 356, eaah4573.),但是cDC2的产生和发展与功能仍然存在很多未知,而cDC2细胞的定义也仅仅由表面的表达的marker CD11b和CD172α来界定。

借助于新颖的单细胞转录组测序并结合传统的转录组测序和表观遗传学ATAC测序的辅助证明,文章发现了cDC2是异质性的细胞群体,包含了两个细胞亚群cDC2A和cDC2B。这两个细胞亚型表现出不同的代谢和功能模式,cDC2A表现出抗炎症反应,而cDC2B表现出促炎症反应。

(G) Pearson correlation between human and mouse spleen scRNA-seq DC clusters

人和鼠脾脏DC单细胞RNA测序皮尔森相关性分析

这篇文章让小编觉得与众不同的是,不同于近期许多发表的单细胞测序文章,直接进行单细胞测序和结果分析发表论文。这篇文章同时进行了“bulk” RNA Seq和single cell RNA Seq,并且还在文章正文figure中对两种测序产生的结果进行了比较两种测序方式结果的一致性,不过文章中用的也不全是传统的二代RNA-Seq测序,是用流式细胞术将细胞分选后分别进行的RNA-Seq测序,算是有一半单细胞测序的血统。具体比较的figure如下:

(I) Similarity of bulk T-bet– cDC2s, T-bet+ cDC2, and cDC1 transcriptomes to the reference single-cell DC clusters. Colors represent the correlation coefficient

between the cell population identified in the row label and the DC cluster identified by the column labe

T-bet– cDC2s, T-bet+ cDC2, 和cDC1细胞群体转录组测序与DC细胞单细胞测序的亚群(cluster)相似性比较,不同的颜色代表不同细胞代表的行和单细胞测序不同细胞亚群(cluster)之间的相关系数。

 

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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