MAS系统

质控说明

MAS系统中项目的质控全部可以基于“质控查看”按钮进行查看。

质控的结果值全是基于BAM计算获得,目前本系统提供的质控信息如下表所示:

(注:若有需要不在下表内的质控,请于相关销售人员沟通。)

质控名称 质控说明
PF bases PF总碱基数
PF reads PF总READS数
PF Q20 bases 超过(大于或等于)Q20的碱基数
PF Q30 bases 超过(大于或等于)Q30的碱基数
PF Q20 bases/PF Bases 超过(大于或等于)Q20的碱基占总碱基数的比例
PF Q30 bases/PF Bases 超过(大于或等于)Q30的碱基占总碱基数的比例
PF HQ aligned Q20 bases 所在READS的mapping质量高于20并且碱基质量大于20的碱基数
Reads aligned in pairs 两端都比对到标准基因组的READS数
PCT PF reads aligned 比对到标准基因组上的READS数占总READS的比例
PCT reads aligned in pairs 两端都比对到标准基因组的READS占比对到标准基因组上的READS比例
Unmapped reads 没有比对上的READS数
Read pair duplicates 标记为PCR重复的READS对
Percent duplication 标记为PCR重复的READS占总READS数的比例
Estimated library size 采用picard得到的文库大小来评估复杂度
Mean insert size DNA文库插入片段长度的平均值,体现了原始DNA片段的长度分布。组织样本如果小于170bp则提示DNA存在降解,可能会引入由于DNA损伤造成的假阳性。血液cfDNA样本插入片段长度一般在170bp左右
Median insert size DNA文库插入片段长度的中位数,体现了原始DNA片段的长度分布。组织样本如果小于170bp则提示DNA存在降解,可能会引入由于DNA损伤造成的假阳性。血液cfDNA样本插入片段长度一般在170bp左右
Mean amplicon coverage 比对到扩增区域的BASE总数(包含重复READS)/扩增区域的总长度
Mean bait coverage 比对到捕获区域的BASE总数(包含重复READS)/扩增区域的总长度
Mean target coverage 比对到目标区域的BASE总数(比对标记重复时这里会用去重的数据)/目标区域总位点(TARGET区域总长度)
Median target coverage 目标区域的位点深度的中位数(比对标记重复时这里会用去重的数据)
Sequencing uniformity 覆盖度超过(MEAN_TARGET_COVERAGE * 20%)的碱基位点占目标区域碱基位点的比例
On target from pair bases 符合在UNIQUE,PAIRED的READS上并且位于靶区的碱基数
Target territory 靶向区段总长度
On target bases 目标区域碱基数
Target bases 目标区域碱基数/总碱基数
PCT traget bases 1x 靶向捕获位点超过1X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 10x 靶向捕获位点超过10X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 20x 靶向捕获位点超过20X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 30x 靶向捕获位点超过30X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 50x 靶向捕获位点超过50X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 100x 靶向捕获位点超过100X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 200x 靶向捕获位点超过200X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 300x 靶向捕获位点超过300X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 500x 靶向捕获位点超过500X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
PCT traget bases 1000x 靶向捕获位点超过1000X深度(仅利用UNIQUE READS的碱基数)的比例(占总捕获位点)
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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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