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两分钟简单粗暴讲miRNA名称!

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miRNA自从火起来,热度就一直没降过。

可是,天天和它打交道,你知道它那复杂的名字是什么意思吗?

▲图片来源于soogif.com

一查资料发现更懵了,怎么看起来如此复杂?

让小编来简单粗暴地给大家讲一下miRNA命名,一些常见的基本都覆盖了。

先放一张流传甚广的miRNA命名图

一张图差不多包含了所有内容,接下来小编进行详细讲一下。

  1. hsa-miR-19

该miRNA名称组成为:物种”-“类别”-“序号

物种:hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。

类别:mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。

序号:即阿拉伯数字。代表miRNA发现的先后顺序。一般情况下,数字越小,发现越早。

  1. hsa-miR-19b

对于相似度非常高但又不完全相同(如:仅差一两个碱基)的成熟miRNA,加上一个英文小写字母(a,b,c,…)以示区别。

  1. hsa-miR-19b-1

后面添加的阿拉伯数字是指:一些位于基因组不同部位的DNA序列能够转录加工产生同样的成熟体序列的RNA,为了对其进行区别,在后面加上不同的阿拉伯数字。

  1. hsa-miR-19b-1-5p

一些pre-miRNA可以产生两个mature RNA,在对应pre-miRNA茎环结构5’和3’序列的mature miRNA名称尾部加上后缀-5p和-3p以示区分,分别表明从前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。

  1. hsa-miR-19b-1-5p

两个mature miRNA由同一个pre-miRNA产生,且表达量已知,那么将其中表达量低的mature miRNA尾部加上标识:*。

看到这里,可能会有疑问:前面提到的Pre-miRNAmature RNA是指?

成熟的miRNAmature RNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的。

初级转录物(pri-miRNA长度从几百到几千个碱基不等,带有5’端帽子和3’poly A尾巴,以及一到数个发夹茎环结构。pri-miRNA经剪切产生约70个碱基的miRNA前体,即pre-miRNA。

miRNA前体(pre-miRNA)经进一步剪切,形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。

接下来是miRNA数据库推荐

  1. miRBase:

http://www.mirbase.org

是miRNA的主要公共数据库,提供miRNA序列,注释查询,定位,发卡序列以及命名服务。

  1. org:

http://www.microrna.org/

miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。

  1. deepBase:

http://deepbase.sysu.edu.cn/

deepBase从新一代测序技术(深度测序技术,deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA,piRNA,siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。

  1. starBase:

http://starbase.sysu.edu.cn/

starBase 是一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站,提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标。

  1. targetScan:

http://www.targetscan.org/vert_70/

TargetScan是比较常用的网站,简单易懂,通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因,预测miRNA靶标假阳性率较低。

  1. TarBase:

http://www.tarbase.com/

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因。

  1. miRanda:

http://www.microrna.org/microrna/home.do

miRanda是一个miRNA靶基因预测软件,适用范围广泛,不受物种限制,同时提供windows,linux,和macintosh多平台版本,可以下载到本地运行。

  1. RNAhybrid:

https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具,基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标,主要用作microRNA靶基因预测。

  1. CoGeMiR:

http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。

  1. miRNApath:

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。

  1. mirWalk:

http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

查找通路中的miRNA以及其靶基因,并且能够查询疾病相关miRNA。

好的,miRNA名称讲解结束啦!各位,最近GCBI想开新课程,你们有好的提议吗?!

欢迎下方留言哦~

▲图片来源于soogif.com

参考:

  1. https://www.jianshu.com/p/5feb4740075a
  2. https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6393431.html
  3. https://www.sohu.com/a/135888634_653813

 

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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