两分钟简单粗暴讲miRNA名称！

文章来自微信公众号"GCBI知识库"，版权归上海其明信息技术有限公司所有，未经许可，不得转载。转载请联系原作者。

miRNA自从火起来，热度就一直没降过。

可是，天天和它打交道，你知道它那复杂的名字是什么意思吗？

▲图片来源于soogif.com

一查资料发现更懵了，怎么看起来如此复杂？

让小编来简单粗暴地给大家讲一下miRNA命名，一些常见的基本都覆盖了。

先放一张流传甚广的miRNA命名图

一张图差不多包含了所有内容，接下来小编进行详细讲一下。

1. hsa-miR-19

该miRNA名称组成为：“物种”-“类别”-“序号”

物种：hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。

类别：mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。

序号：即阿拉伯数字。代表miRNA发现的先后顺序。一般情况下，数字越小，发现越早。

2. hsa-miR-19b

对于相似度非常高但又不完全相同（如：仅差一两个碱基）的成熟miRNA，加上一个英文小写字母（a,b,c,…）以示区别。

3. hsa-miR-19b-1

后面添加的阿拉伯数字是指：一些位于基因组不同部位的DNA序列能够转录加工产生同样的成熟体序列的RNA，为了对其进行区别，在后面加上不同的阿拉伯数字。

4. hsa-miR-19b-1-5p

一些pre-miRNA可以产生两个mature RNA，在对应pre-miRNA茎环结构5’和3’序列的mature miRNA名称尾部加上后缀-5p和-3p以示区分，分别表明从前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。

5. hsa-miR-19b-1-5p

两个mature miRNA由同一个pre-miRNA产生，且表达量已知，那么将其中表达量低的mature miRNA尾部加上标识：*。

看到这里，可能会有疑问：前面提到的Pre-miRNA和mature RNA是指？

成熟的miRNA（mature RNA）是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的。

初级转录物（pri-miRNA）长度从几百到几千个碱基不等，带有5’端帽子和3’poly A尾巴，以及一到数个发夹茎环结构。pri-miRNA经剪切产生约70个碱基的miRNA前体，即pre-miRNA。

miRNA前体（pre-miRNA）经进一步剪切，形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。

接下来是miRNA数据库推荐：

1. miRBase:

http://www.mirbase.org

是miRNA的主要公共数据库，提供miRNA序列，注释查询，定位，发卡序列以及命名服务。

2. org:

http://www.microrna.org/

miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。

3. deepBase：

http://deepbase.sysu.edu.cn/

deepBase从新一代测序技术(深度测序技术，deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA，piRNA，siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。

4. starBase：

http://starbase.sysu.edu.cn/

starBase 是一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站，提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标。

5. targetScan：

http://www.targetscan.org/vert_70/

TargetScan是比较常用的网站，简单易懂，通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因，预测miRNA靶标假阳性率较低。

6. TarBase:

http://www.tarbase.com/

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因。

7. miRanda：

http://www.microrna.org/microrna/home.do

miRanda是一个miRNA靶基因预测软件，适用范围广泛，不受物种限制，同时提供windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。

8. RNAhybrid：

https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标，主要用作microRNA靶基因预测。

9. CoGeMiR：

http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。

10. miRNApath：

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。

11. mirWalk:

http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

查找通路中的miRNA以及其靶基因，并且能够查询疾病相关miRNA。

好的，miRNA名称讲解结束啦！各位，最近GCBI想开新课程，你们有好的提议吗？！

欢迎下方留言哦~

▲图片来源于soogif.com

参考：

1. https://www.jianshu.com/p/5feb4740075a
2. https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6393431.html
3. https://www.sohu.com/a/135888634_653813