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答疑呀嘿丨TCGA的数据是怎么命名的?

吼吼吼——答疑呀嘿——

依旧感谢本周的答疑老师:来自上海其明的刘老师,杨老师和孔老师,陈老师!

接下来是满满干货。

Q1TCGA

问:请问TCGA的数据是怎么命名的?

答:简单讲一下,如一个患者的样本处理过程:

先看一个样本的数据名字构成

我们将此示图以"-"分割,具体拆开解读一下:

  • TCGAProject, 所有TCGA样本名均以这个开头
  • 02Tissue source site,组织来源编码,

https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codes

  • 00001Participant, 参与者编号
  • 01Sample, 这两个数字可以说是最关键、最被大家注意的,其中编号01~09表示肿瘤,10~19表示正常对照,所以在TCGA样本名中,这个位置最常见的就是01和11
  • CVial, 在一系列患者组织中的顺序,绝大多数样本该位置编码都是A; 很少数的是B
  • 01Portion, 同属于一个患者组织的不同部分的顺序编号,同一组织会分割为100-120mg的部分,分别使用
  • DAnalyte, 分析的分子类型,对应关系如下所示:
  • 0812Plate, 在一系列96孔板中的顺序,值大表示制板越晚
  • 01Center, 测序或鉴定中心编码

更详细,请见:https://mp.weixin.qq.com/s/CisWoNHc3unUhgc5li177A

Q2TCGA

问:接Q1,下面是同一个患者的三个样本,都进行了RNA分析,应该如何选择?

TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07

TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07

TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07

答:GDAC firehose选择的方法如下:

1、对RNA数据来说,Analyte为R的优先级最该,其次是R和T,而对于DNA层面的分析来说,D的优先级最高

2、如果Analyte相同,那就选择Portion和/或Plate值更大的

所以以上三个样本数据,最终保留TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07,因为其相对于TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07的板号(Plate)更晚。

Q3-高通量测序

问:SNP、SNV是一样的吗?

答:单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP):个体间基因组DNA序列同一位置单个核苷酸变异(替代、插入或缺失)所引起的多态性;不同物种个体基因组 DNA 序列同一位置上的单个核苷酸存在差别的现象。SNP 在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言,SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异,主要用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。

而在研究癌症基因组变异时,相对于正常组织,癌症中特异的单核苷酸变异是一种体细胞突变(somatic mutation),称做单核苷酸位点变异(single nucleotide variants, SNV)。

一般来说,SNP、SNV 的应用场景不同。其中,SNP 一般指健康人群中的无害突变,比如不同种族来源的人群中存在的不同的SNP, 可以参照千人基因组计划的研究结果。而SNV 一般指一些明确有害的或者有潜在有害的单核苷酸突变,比如某些遗传疾病或者肿瘤的一些突变。

Q4-极限测序

问:想问一下“极限测序”的送样要求是什么?

答:“极限测序”指区别于常规样本(组织、细胞、血液)测序的非常规样本(血清、血浆、外泌体)测序。

送样要求:

  1. 血清、血浆样本:需要全血离体后2h内完成分离,分离得到的样本体积不得低于2ml,置于-80℃冰箱保存。

更多详细内容,请参见链接:收藏!样本采集指南

Q5qPCR

问:扩增产物滞留在加样孔中,怎么办?

答:

  1. 可能是由于模板量过高而导致PCR结果产生了高分子量的DNA胶状物,建议将第一链cDNA浓度稀释至100倍再进行二次扩增。
  2. 在二次PCR时,使用的退火温度如果比引物的Tm值低5℃,可将退货温度适当增高或进行热启动以提高特异性。

 

Q6qPCR

问:想做qPCR实验,但每次提出来的RNA都降解,如何处理?

答:

  1. 在用来验证完整性之前先在变性胶上分析RNA
  2. 运用良好无污染技术分离RNA
  3. 将组织从动物体取出后立即提取RNA,并将提取好的RNA反转录为cDNA进行低温保存。

本周答疑结束,下周你想了解什么内容?

欢迎下方留言!

参考:生信人文章https://mp.weixin.qq.com/s/CisWoNHc3unUhgc5li177A

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