答疑呀嘿

答疑呀嘿丨如何对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析?

又是一周答疑时间到!

感谢本周答疑老师-上海其明的杨老师,侯老师和张老师!

本周又有一些小伙伴提出了他们的问题,有一些真的对大家比较有参考意义,注意认真阅读哦~

Q1-生信分析

问:想对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析DEG分析,应该怎么操作呢

答:从GEO数据库得到的芯片数据进行DEG分析可以考虑以下几种思路:

  1. 推荐使用其明的GCBI平台,只需获取芯片的原始CEL文件即可高效快捷地使用该平台进行芯片的分析。
  2. 可以使用GEO 官方的GEO2R 在线交互分析平台,比较简单快捷。
  3. 如果是affymatrix 芯片,也可以使用其自带的Expression Console 软件通过导入原始CEL文件进行DEG分析。
  4. 也可以使用R语言的一些包工具如(affy、oligo、limma)来通过读入原始CEL文件进行更加个性化的分析。

其中,前3种适合无基础用户,最后一种适合有一些芯片分析基础的用户。

Q2-基因组测序

问:基因组测序和de novo测序有什么区别啊?

答:基因组测序分为de novo测序和重测序。

de novo 测序即从头测序,不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究。

基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs)、拷贝数变异(CNV)、插入/缺失(Indel)等变异类型,以较低的价格将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。全基因组重测序在人类疾病和动植物育种研究中广泛应用。

Q3-分析策略

问:大鼠和小鼠的蛋白组学数据,不同时间做出来的,一般这样的数据可以拿来交集一起分析吗?

答:不同物种不适合取交集,因为类似的蛋白在不同的物种中存在的名称可能是不同的,单纯的通过蛋白名称进行直接取交集会造成很多误差。建议单独分析到蛋白功能和通路,然后再观察功能和通路是否存在交集。

Q4GCBI分析实验室

问:GCBI在线实验室都支持什么类型的数据啊?

答:GCBI平台目前只支持Affymetrix公司基因芯片的原始数据(CEL格式文件,例:Exp1_(HTA-2_0).CEL),一共有19个平台的芯片可以分析,具体列表见链接:http://college.gcbi.com.cn/archives/494

Q5qPCR

问:qPCR实验,发现标准曲线线性关系不好,怎么办?

答:可能原因:

  1. 加样存在误差,使得标准品不呈梯度。
  2. 引物或者探针不佳,建议重新设计更好的引物和探针。
  3. 模板中存在抑制物,或模板浓度过高。
  4. 标准品出现降解,应避免标准品反复冻融,或者重新制备并稀释标准品。

Q6qPCR

问:抑制物影响PCR反应,如何解决?

答:建议:

  1. 抑制物会导致扩增曲线的斜率不一样,可以制作标准曲线鉴定是否存在抑制物;
  2. 稀释样品可以消除抑制物的影响。

Q7qPCR

问:负对照有信号是什么原因?

答:可能原因:

  1. 模板有基因组的污染,建议RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。
  2. 引物设计不够优化,应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
  3. 引物浓度不佳,可以适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。
  4. 镁离子浓度过高,建议适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒。

“答疑呀嘿”专栏与小伙伴们一周一会,已经做到了第八期,受到了广泛的好评,希望有更多人加入我们。

欢迎后台or下方留言进行探讨交流!

一个小建议:如果是提问问题的话,请尽量简短直接地将问题描述清楚明白,以防造成理解偏差。

 

你可能还想阅读答疑呀嘿其他内容:

第一期:答疑专栏丨熔解曲线总是出现多峰?来看看是不是这个原因!

第二期:答疑呀嘿丨P值、FDR、Q值有偏差,会对发文章有影响吗?!

第三期:答疑呀嘿丨想从头研究ceRNA的调控网络,需要如何制定测序方案?

第四期:答疑呀嘿丨在没有明确目的的情况下如何挑选基因进行后续研究?

第五期:答疑呀嘿丨为什么外泌体分离之后,还要做鉴定?

第六期:答疑呀嘿丨生信分析专题答疑时间来啦

第七期:答疑呀嘿丨为什么分析到的差异表达基因与qPCR实验结果不一致?

声明:

本文系上海其明信息科技有限公司微信公众号《GCBI知识库》原创,转载请联系公众号后台获取授权,欢迎朋友圈分享。

答案仅供参考,请读者自行判断。

图片来自网络,如有侵权,请联系后台删除。

(0)

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

热评文章

发表评论