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答疑呀嘿丨在没有明确目的的情况下如何挑选基因进行后续研究?

风里——,雨里——,答疑呀嘿在等你~

答疑呀嘿时间到!每周答疑开始了~

本周后台收到了许多问题,看来小伙伴们问问题的热情还是很高的嘛

来看一下是不是你的问题被解答了!

Q1-生信分析

问:TCGA里miRNAseq的结果怎么处理?可以拿来直接用吗?还用标准化吗?

答:isoform提取出来处理,标准化。TCGA的microrna是前体的数据,不能直接用。

Q2lncRNA

问:想分析lncRNA,不知道高通量测序和芯片方法的差异与各自的优劣

答:芯片方法只能对已知lncRNA设计探针杂交,对于novel lncRNA没有办法预测到。而高通量测序对于已知和新的lncRNA数据都很丰富;芯片杂交数量少,相比准确性稍高,而高通量测序由于大量的数据和对新lncRNA的预测,不可避免的可能存在假阳性,需要通过一些方法进行验证,比如qPCR。有一些老师会用测序获得lncRNA的一些信息,之后针对性地做芯片。

Q3-生信分析

问:在没有明确目的的情况下如何挑选基因进行后续研究?

答:1.可以挑选P值和Q值低且差异倍数大的基因;

2.可以挑选网络图中核心的基因;

3.还可以根据用户提供的研究背景和研究目的挑选基因。

4.根据KEGG、GO富集结果,选取有代表性的差异基因进行实时荧光定量 PCR(qRT-PCR)验证

Q4-外泌体

问:细胞培养过程中的死细胞会影响外泌体的分析吗?

答:会的。在收获细胞时,应确定死亡细胞占所有细胞5%以下。细胞死亡过程中会释放大量大小不等的囊泡,细胞最终会裂成碎片,它们在exosome的纯化过程中会污染活细胞产生的exosome。

Q5-全外显子组测序

问:癌组织为什么要选择高深度测序?

答:相对于遗传病而言,肿瘤组织样品中突变位点的等位基因频率较低,一方面由于肿瘤细胞在肿瘤组织中的占比偏低,另一方面则由于癌症发展后期产生的突变仅存在于极少量的肿瘤细胞中,采用高深度测序可以尽可能全面的检测到与癌症发生发展相关的变异。通常推荐的外显子测序深度为,癌组织大于100x,癌旁组织/血液大于50x。

Q6-表达谱

问:常说的基因表达谱(gene expression profile)是什么?

答:通过构建某一特定状态下的细胞或者组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息,这样编制成的数据表就称为基因表达谱。

Q7-二代测序

问:二代测序中常说的Q20、Q30是什么意思?

答:详细可见视频:http://college.gcbi.com.cn/video/tgdsaf.html

Q8-生信分析

问:得到的数据中只有1个我期待出现的基因,其他都是未知基因,后续怎么做?

答:首先,可以通过基因的相互作用网络,寻找未知基因和已知基因的关系;其次,可以通过共表达网络,推测已知基因和未知基因的相关性;以上两种方法可以实现由已知基因推测未知基因作用。

你还有哪些问题?

欢迎在下方或者后台留言提问哦~

 

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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