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热个便当的时间,我就确定了一个基因值不值得研究

小编,你真的知道确定一个可以研究的基因要做多少前期工作吗?

要查多少文献,要查多少数据库吗!你热个便当的时间就做到了?!

只要便当热得够久,就可以做到!

别打小编,只是玩笑而已。你说的那么大工作量,不符合小编这种懒人的行事风格,小编找到了一个研究基因的好工具——基因雷达,快到热个便当的时间,即可了解一个基因值不值得研究。

告诉你,小编是如何做到的:便当放进微波炉,中高火、两分半,(切正题!!!)打开基因雷达: https://www.gcbi.com.cn/gcanalyze/html/generadar/index

图1 单基因雷达

确定一个基因是否值得研究,首先要回答两个问题:

  1. 它被研究得多吗?

拿到一个基因,我们首先肯定想知道它的科研热度。

直接在“单基因雷达”中输入TP53(这是最明星的基因,就拿它来做演示),然后看一下TP53的“全景雷达图”

图2 全景雷达图

果然是明星基因啊,图中的绿色阴影面积远远大于灰色阴影面积(灰点是研究的中位数,灰色阴影面积就代表着研究的平均水平)。

当然我们都希望是那种没有人报道过(或极少报道过)的基因。但是这种情况可遇不可求,报道过也完全没有关系,我们要做的就是了解该基因被研究到什么程度了,而后另辟蹊径从其它的角度来研究该基因。

那么,接下来就是第二个问题了

  1. 它被研究得有多深?

关于这个问题,我们就要从许多方面来解答了,疾病、表达概况、上下游关系、通路、功能、转录本、microRNA、SNP、相关文献等。

先说疾病,直接点击“全景雷达图”中的”disease”,即可进入“疾病雷达图”(图2),里面展示了已被报道过的与TP53相关的疾病,里面仅按顺序展示了TOP20,不过足够用了。

图3 疾病雷达图

图3中,纵坐标是与TP53相关的疾病,横坐标是被报道的文献数。看看有没有你研究的疾病,有的话直接点击该疾病进去看文献,不用费劲儿找,直接抵达与TP53 Neoplasms(基因、疾病相应替换成你选择的基因、疾病)相关的文献(图4),点进去之后,每一篇文献都有标出了文章相关的基因、疾病、药物或化合物,找起文献来也很有针对性。

图4 文献页面

像上方举例,雷达图中好多可以直接点击进入另一个页面了解详情的位置,接下来就不一一介绍了。欢迎大家点点点,发现新玩法。

然后是表达概况。TP53在哪些疾病中差异表达呢?点击“单基因雷达”中的“表达概况”(图5),即刻显示出TP53在不同疾病的癌组织(左边红色)和正常组织(右边紫色)的”表达丰度图“,纵坐标是各种癌症的简称,横坐标是TCGA数据库中的表达数值,表达差异一目了然。点击图像,还可查看癌症对应的数据详情。

图5 表达丰度图

上下游关系。点击“单基因雷达“中的”调控网络”, TP53与相关基因的各种调控关系直接显示在图中。

图6 调控网络图

如图6所示,左上角是TP53与其它基因的关系类型,各个类型都是可选的,彩色图标代表已被选择,其与TP53的关系展示在正中央的图中,灰色图标代表未被选择,但可以被加上,其结果同样会展示在中间的图中。最喜欢的就是用鼠标点来点去,看中间的图像变来变去了!(哈-哈-哈-哈)

图6中央的雷达图中的每一个点都代表一个基因,点击可以查看其与TP53的对应关系及数据来源。

此刻,便当已经热好,你对一个基因也了解得差不多了。是否要研究该基因,心中已经有谱了。

确定要研究该基因,想了解基因相关的功能、通路、相关文献等?

点击全景雷达图中的“GO”或“Pathway”,关于TP53的一切就都在这里了(图7)。

图7 基因详情

以上就是如何利用单基因雷达确定一个基因值不值得研究的教程了,关于基因雷达你还有什么玩法,欢迎在下方留言告诉大家呀。

 

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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