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首发丨肿瘤数据挖掘还在用TCGA?这个数据库你绝对没听过!(一)

说在前面:篇幅限制,一篇文章被分为2篇,明天不要忘记回来关注哦

一说起肿瘤数据库,大家第一个想到的就是TCGA。它以其蕴含的丰富信息、较全癌种以及权威性受到了肿瘤研究医生的好评,并且成为数据挖掘再利用的主力军。

然而,时间久了,也有一些小伙伴吐槽:

“在经过这么长时间的挖掘后,可利用信息越来越少”(换个说法更贴切,在里面随便找找数据挖掘再利用可以发文章的好事越来越少了)

“查找一个疾病时,找来找去只能找到几个项目,临床信息也比较少”

小编和高级生信分析部的小伙伴聊天的时候讲到了这些,他就推荐了一个新的数据库,针对于儿童癌症,临床信息比较全

这等好数据库当然要推荐给大家--TARGET数据库。

TARGET数据库的闪光点

国内首发

2018年最新发布的数据库,关键在于国内还没有人研究利用过,这意味着什么?不用我多说了吧。做公共数据挖掘的朋友跑起来,抢占先机!

数据更细分、更全面

该数据库针对儿童肿瘤,相比于TCGA,针对的面窄了一些,但同时也意味着,它的内容更具针对性。里面包含RNA、WGS、WES、CNV、甲基化、临床信息……内容层面上更广泛,临床信息比较完整,是儿童癌症研究的好帮手!

权威性高

该数据库由 NCI’s Office of Cancer Genomics 和 Cancer Therapy Evaluation Program管理,相当于TCGA的姊妹,颇具权威性。

话不多说,来看数据库详情:

TARGET数据库

名称

TARGET:Therapeutically Applicable Research To Generate Effective Treatments

网址

https://ocg.cancer.gov/programs/target

综述

TARGET数据库采用全面的分子表征来确定儿童癌症中,与起始和进展有关的基因及其突变情况,并通过数据分析生成对研究者有用的药物作用靶点和预后标志物,以便能够开发和应用新的更有效的治疗方案。

TARGET通过测序和芯片技术,检测特定儿童癌症的基因组、转录组以及表观遗传,利用多组学的方法为每种癌症类型生成全面的分子改变图谱(改变是指DNA或RNA的变化,例如染色体结构的重新排列或基因表达的变化),并通过计算和验证生物学功能,以确定哪些改变会破坏基因的功能通路,促进癌症的生长、进展和/或生存,从而从癌症相关的改变中识别候选治疗靶点和/或预后标志物。

TARGET计划起源于两个试点项目:acute lymphoblastic leukemia (ALL) 和 neuroblastoma (NBL)。截止目前,TARGET包含5个项目,分别是Acute lymphoblastic leukemia (ALL)、 Acute myeloid leukemia (AML)、Kidney Tumors、Neuroblastoma (NBL)以及 Osteosarcoma (OS),并由 NCI’s Office of Cancer Genomics 和 Cancer Therapy Evaluation Program管理。

下面对5个项目进行简单的描述

1.ALL项目

ALL(Acute Lymphoblastic Leukemia)项目阐明了全面的分子特征,以确定难以治疗的儿童期癌症起始和进展的遗传变化。

ALL是儿童中最常见的癌症。在过去的几十年里,儿科治疗和护理的进步显著地提高了其5年生存率(几乎达到90%)。尽管情况改善,但相当多的儿童在标准化治疗后仍存在复发情况。因此,对于高危复发患者给予针对性的治疗方案并采用靶向药物治疗,从而预后有了显著的提高。

2.AML项目

AML(Acute Myeloid Leukemia)项目阐明了全面的分子特征,以确定高危或难以治疗的儿童期癌症起始和进展的遗传变化。

AML是一种源自骨髓中的未成熟白细胞,即成髓细胞的癌症。大约25%的白血病儿童患有急性髓系白血病。尽管自20世纪70年代以来生存率有所上升,但大约一半的患儿在接受强化治疗后仍然会复发。复发后的治疗通常不起作用,并会对儿童造成更严重的伤害。这些病人显然会从有针对性的治疗方法中获益。因此,通过全面的全基因组鉴定,研究者可依据发现的基因和表观遗传的改变情况,以研究出更有对性的治疗方案,从而改善AML患儿的预后情况。

3.KT项目

KT(Kidney Tumors)项目阐明了全面的分子特征,以确定高危或难以治疗的儿童期癌症起始和进展的遗传变化。

KT是一种在儿童中可治愈的罕见癌症。但是,有一些患者在治疗后,没有疗效或者预后容易,预后较差,以及所有的治疗方案对患儿今后的生活都有一定的影响。因此,通过全基因组的研究,希望发现这些肿瘤的关键分子(主要来自复发的患者),以便能研究出更好的治疗方案来改善患者的预后情况。

目前,Kidney Tumors项目已完成的有Wilms tumor (WT)、Clear cell sarcoma of the kidney (CCSK)和Rhabdoid tumors (RT)。

4.NBL项目

NBL(Neuroblastoma)项目阐明了全面的分子特征,以确定高危或难以治疗的儿童癌症起始和进展的遗传变化。

NBL是发生在交感神经系统未成熟神经细胞中的一种癌症,是婴幼儿最常见的肿瘤。NBL约占儿童癌症死亡率的12%,多发于18个月至5岁的儿童。此外,目前的NBL大多治疗方案为强化化疗,这样会给存活的儿童留下终生的副作用。因此,在NBL中发现新的治疗靶点,不仅可以改善高危患者的预后,还可以减轻患者持续并发症的负担。

5.OS项目

OS(Osteosarcoma)项目阐明了全面的分子特征,以确定高危或难以治疗的儿童癌症起始和进展的遗传变化。

OS是儿童和青少年最常见的骨癌。虽然改进标准治疗方案已经使 OS的生存结果得到改善,但是与其它几种儿童癌症一样,患儿都要忍受多次化疗的痛苦。而靶向治疗有可能提高患儿的预后,因此研究者对其进行了更为详细的研究。

项目数据信息总结表

TARGET数据库的数据类型有哪些?该怎么下载?

限于篇幅,留到明天讲,不要忘记关注哦~

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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