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老思路碰上它,照样能够发高分

每到开课题,发文章的时候,小伙伴们的生活就剩下3件事 “吃饭、睡觉、想思路!”,是日也想,夜也想,日日夜夜都在想。

老思路不突出,新思路想不出,生活充满了blue

小编小编,你有没有好的思路啊?

有是有的,不过小编这次不打算讲思路,而要讲个“终极套路”。

这两天小编狂看文献,就总结这么一个终极套路——经典思路蹭热点!那么多套路,这个套路可以一直都有用,永远不落后!

每个研究方向当中都有一些经典思路,就比如说biomarker的研究,经典思路就是先初步筛选差异分子,再换方法进行验证,排除假阳性,缩小范围,接下来扩大样本进行验证,让biomarker具有普遍性,最后与临床信息相结合,评估biomarker的临床价值。

经典思路的优点是经过大家的验证,研究思路比较严谨完整。但是,缺点也很明显,单纯只做经典思路没有新意,难发高分。

因此,经典思路要有创新才能发高分。而让经典思路枯木逢春最便捷的方法就是蹭热点。

今天就以这篇18年4月新发布在molecular cancer的文章为例讲一讲怎么蹭热点!文章题目:Tumor-originated exosomal lncUEGC1 as a circulating biomarker for early-stage gastric cancer(IF:7.776)

从文章题目就可以看出,研究的内容是:外泌体、lncRNA、biomarker。

一篇文章,两个热点。液体活检领域火热的外泌体研究是国自然基金中标的大热门,一直是资助的重点,2017年共资助302项,资助金额达1.24亿。

过去的几年里, miRNA/小RNA持续退热,同时lncRNA热度直线上升,与曾经的miRNA相比,有过之而无不及。

研究背景

从思路图可以看出,研究者在biomarker的研究思路中加上外泌体lncRNA的研究,分离了来自5个健康个体和10个I期GC患者的血浆的外泌体和来自四个人类原代胃上皮细胞(HPSEC)和四个胃癌细胞(GCC)的培养上清的外泌体,使用RNA测序进行外泌体RNA分析以鉴定EGC特异性外泌体lncRNA。

在I期GC患者和GCC中,总共79和285个外泌体RNA分别显著高于正常对照。通过对RNA测序结果的组合分析,发现了两种EGC特异性外泌体lncRNA:lncUEGC1和lncUEGC2,并进一步证实它们在来自EGC患者和GCC的外泌体中显着上调。

此外,稳定性测试表明几乎所有血浆lncUEGC1都被包封在外泌体内,因此免受RNase降解。对外泌体lncUEGC1的诊断准确性进行了评估,lncUEGC1对健康人和癌前慢性萎缩性胃炎患者的EGC患者的AUC值分别为0.8760和0.8406,均高于癌胚抗原的诊断准确率。

研究结论

1.确认是外泌体

之前的推文中,咱们说过,发文章,一定要有外泌体的分离鉴定数据:形态表征、粒径分析、蛋白鉴定。也就是说,你说你研究的是外泌体,那么你就一定要在文章中证明你的样本是外泌体。

作者对分离得到的外泌体使用透射电子显微镜 (TEM)观察形态表征,NTA检测追踪分析颗粒粒径,Western blot揭示了特异性外泌体标记蛋白(CD9和CD63)的存在以及在外泌体富集的成分中不存在阴性对照蛋白微管蛋白。

图1 外泌体鉴定

2.RNA测序

接下来,抽提外泌体RNA,进行lncRNA测序分析。

I期GC患者(n  = 10)与健康个体(n  = 5)相比,79个外泌体lncRNA和mRNA上调超过2倍。分析HPSEC来源与GCC来源的外泌体RNA,与HPSEC来源的外泌体RNA相比,GCC来源中有285个外泌体lncRNA和的mRNA被上调超过2倍(Q<0.00001)。

综合分析,发现有6个lncRNA:ENST00000568893.1(lncUEGC1),ENST00000378432.1(lncUEGC2),DNM1P18,GSC,LRRC4B和PKD1P2显著上调。

图2 EGC特异性外泌体lncRNA的筛选

研究者选择关注2种潜在的EGC特异性外泌体lncRNAs,这些特异性lncRNA在6种基因中上调倍数变化和基础表达水平最高,并命名为lncUEGC1和lncUEGC2(lncRNA在胃癌外泌体中上调)。

  1. qPCR验证与稳定性测试

为了进一步研究RNA-seq数据的稳健性,进行定量PCR(qPCR)以分析来自验证集和GCC的EGC样品中的外泌体lncUEGC1和lncUEGC2表达。

表1 所有病人和健康个体的临床特征

与健康对照组(n  = 60)相比,I期和II期GC患者(n = 51)的相对血浆外泌体lncUEGC1和lncUEGC2表达水平均显着上调(倍数变化> 5,P <0.0001)

与HPSEC培养基(n  = 4)相比,外源性lncUEGC1和lncUEGC2在GCC(n = 12)培养基中显著上调。

图3 EGC和GCC中外泌体lncUEGC1和lncUEGC2的表达模式

结果显示与RNA-seq数据一致,并且表明lncUEGC1和lncUEGC2可能具有用于早期非侵入性GC诊断的EGC特异性外泌体lncRNAs的潜力。

血浆中的大多数长RNA分子表现出差的稳定性,研究者通过实验证明几乎所有的血浆lncUEGC1被包封在外泌体中,因此被保护免受RNA酶降解。

图4 EGC和GCC中外泌体lncUEGC1和lncUEGC2的稳定性测试

4.验证集验证

为了确定外泌体lncUEGC1和lncUEGC2以及常规肿瘤标志物CEA对EGC检测的诊断能力,研究者检测了血浆外泌体lncUEGC1和lncUEGC2表达水平和血清CEA水平,以区分EGC患者和癌前CAG病变患者以及健康的控制。

此外,制作ROC曲线(AUC)以评估诊断准确性。表明血浆外泌体lncUEGC1可以作为主要的诊断性GC生物标志物,可有效区分EGC和癌前病变。

文章亮点

1.结合热点。就像开头说的那样,完美“蹭”了外泌体、lncRNA的热点。本文研究者第一个使用外泌体lncRNA测序来系统、彻底地筛选潜在的EGC biomarker。

2.比较完整地完成了自己的研究,揭示了外泌体的独特性质,包括它们内嵌癌症来源RNA的能力以及在循环中的稳定性和可重复的检测;说明了EGC来源的外来体lncUEGC1有望提高EGC诊断的高灵敏度、稳定性,用于非侵入性生物标志物的开发。

 

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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