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如何简单三步完成一篇SCI?

简单三步搞定一篇paper,小编你确定不是在逗我?

哪次发paper之前,不得经过导师循(bu)循(duan)善(cui)诱(can)、实验室里没日没夜做实验,还得苦逼的自学这自学那(分析要学、统计要学……)。小编你是故意来diss我们的吧!

同学,别生气,有话好好说,为表小编一片诚心(保住一条小命),今天就通过一篇paper,来告诉小伙伴们,发文章并没有那么难!

作者就做了一个miRNA芯片(服务公司提供的),在GCBI上自行分析(在线网站傻瓜式操作了一下的),再加上一个qPCR实验验证(服务公司提供的)就完成了一篇SCI文章,你们可以看看作者是不是超轻松?

陷在paper大坑中不停为难自己的同学,曙光是不是来了?

研究背景

  1. miRNAs通过调节转录后基因表达来影响一系列生物学功能。异常的miRNA表达与多种疾病相关联。
  2. 尿石症是一种常见疾病,而特发性高钙尿症(IH)是尿路结石的重要危险因素。
  3. 尿石症中miRNA表达模式及其生物学功能仍然未知。
  4. 因此,了解在GHS大鼠肾脏中miRNA和mRNA表达模式的相关性是非常重要的。

研究思路

作者以正常的Sprague-Dawley (SD)大鼠作对照,采用miRNA芯片、mRNA表达谱芯片和生物信息学分析相结合的方法,来分析遗传性高钙尿症结石(GHS)大鼠肾脏中失调的miRNA和mRNA。

第一步:芯片检测

作者取GHS大鼠和对照组正常SD大鼠肾脏组织样本交由上海其明信息技术有限公司抽提total RNA,而后分别采用Affymetrix miRNA 4.0 芯片及 Affymetrix Gene 1.0 芯片检测,获得了miRNA和mRNA表达谱。

第二步:生物信息学分析

芯片检测的数据上传至上海其明信息GCBI信息平台进行分析。数据已保存在NCBI Gene Expression Omnibus中,大家通过GEO系列登录号:GSE75543就可以看到。

1.GHS大鼠肾脏中miRNAmRNA表达谱

通过miRNA芯片分析确定了3个GHS大鼠及对照组SD大鼠肾脏组织中miRNA的表达谱,在GHS大鼠 vs对照组SD大鼠两组间,总共有19个miRNA差异表达显著(p <0.05),分别是10个上调和9个下调,如下图所示。

同时,作者对mRNA表达谱也进行了分析,确定了有显著表达差异(P <0:05)的2418个基因,包括1,057个上调基因和1,361个下调基因。

2.miRNA 靶基因预测

作者使用miRanda数据库来预测差异表达miRNA的靶向mRNA。基于19个失调的miRNA及其10,521个靶向mRNA,共预测了29,164对miRNA-mRNA。

3.对失调的miRNAmRNA的综合分析

对预测得到的靶向mRNA和差异表达的mRNA取交集,然后和与预测的miRNA呈负相关的mRNA一起进行GO分析和KEGG Pathway分析,获得417个上调的GO term, 286个下调的GO term(P <0.05)。 下图显示了最显著的前十五个上调和下调的GO term。

根据KEGG通路分析,显著富集到93条KEGG通路,其中75个上调,18个下调(P<0.05)。下图显示了最显著的前15条上调和下调的通路。

接下来,为了说明关键的miRNA在GHS大鼠肾脏中与mRNA的调控关系,基于在GO term和KEGG Pathway中显著富集的mRNA,建立了miRNA-mRNA-Network。

为了研究这些基因与其在高钙尿症中的潜在作用之间的调控关系,基于显著的KEGG Pathway,进行了signal-net分析,如下图所示。

第三步:qPT-PCR验证

为了验证芯片结果的可靠性,作者又在12对配对的GHS /正常SD大鼠肾脏中选择了11种miRNA和8种靶向mRNA进行qRT-PCR实验验证。

验证结果如下图所示,rno-miR-184,rno-miR-484和rno-miR-138-1-3p是GHS大鼠中最显著失调的miRNA,并且结果与芯片数据相当。 此外,通过qPCR检测的七种mRNA(Gcnt1,Lpin2,Olr1,Sema5a,NfκB1,Rela和VDR)的表达水平与除了CaSR之外其他六种mRNA相应的芯片数据完全一致。这些结果表明芯片和qRT-PCR的结果具有很高的一致性。

3步完成,作者成功发现了大鼠高钙尿症相关的miRNA及其靶向mRNA。

重要的是,这是第一个关注miRNA-mRNA相互作用在高钙尿路结石中的作用的研究。

怎么样?作者的思路是不是非常简单清晰,大家学会了吗?

科研之路,道阻且长,大家都在努力前进!

着急发文章的同学,可以借鉴一下思路。

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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