多基因雷达产品说明

1.概述

每个基因都存在着许多层面的关系。GCBI通过对于各个数据库的整合和梳理来反应多个基因间不同层面的信息。

2.相关疾病

2.1介绍

每篇文献都有关联的基因和疾病种类，疾病雷达就是根据文献内容，基因可能相关的疾病。

2.2 方法学

我们利用Mesh数据库中的疾病分类，从Pubmed数据库对基因和疾病进行挖掘，绘制了包含输入的基因数最多的前20种疾病的柱状图。

富集度：富集度=（输入的疾病相关基因数/疾病相关基因总数）/（输入基因数/基因总数）

对应该疾病的相关文献数：依据Pubmed数据对文献对基因和疾病进行挖掘，统计同时描述这个基因和疾病的文献数。

对应疾病的相关化合物数：依据Pubmed数据对文献对基因、疾病和化合物进行挖掘，统计同时描述这个基因、疾病和化合物的文献数。

基因本身包含的致病突变数：依据多数据库整合的基因的致病突变的数目，与基因本身有关，与点击的疾病无关。

2.3 DEMO说明

3.核心网络

3.1介绍

核心网络展示输入的基因间的相互作用关系，更便捷的了解输入基因的核心基因。

3.2 方法学

核心网络是依据基因在Pubmed，Mesh，KEGG等多个数据库中有数据库依据和文献依据的基因与基因之间的关系，从而构建输入基因的核心网络。

3.3 DEMO说明

注：当连接数最大的点大于3个的时，无黄色标注。

 

4.关联网络

4.1介绍

关联网络展示至少与输入基因有2种以上作用关系的相关基因，更便捷的了解输入基因之间的连接基因。（最多只展示前100个与输入基因连接最多的关联基因）

4.2 方法学

关联网络是依据基因在Pubmed，Mesh，KEGG等多个数据库中有数据库依据和文献依据的基因与基因之间的关系，从而构建输入基因的连接基因网络。

4.3 DEMO说明

注：当连接数最大的点大于3个的时，无黄色标注。

 

4.相关miRNA

4.1介绍

相关miRNA展示至少与输入基因有2种以上作用关系miRNA。这些miRNA与基因都有文献相关的依据。（最多只展示前100个与输入基因连接最多的miRNA）

4.2 方法学

相关miRNA是依据基因在Pubmed，miRBase等数据库中收录的有文献依据的基因与miRNA的关系，从而构建相关miRNA的网络。

4.3 DEMO说明

注：当连接数最大的点大于3个的时，无黄色标注。

 

5.相关转录因子

5.1介绍

相关转录因子展示与输入基因有2种以上作用关系的转录因子。这些转录因子与基因都有文献相关的依据。（最多只展示前100个与输入基因连接最多的转录因子）

5.2 方法学

相关转录因子是依据基因在Pubmed，Transfac数据库中收录的有文献依据的基因与转录因子的关系，从而构建相关转录因子的网络。

5.3 DEMO说明

注：当连接数最大的点大于3个的时，无黄色标注。

 

6.相关细胞

6.1介绍

相关细胞展示至少与输入基因有2条以上依据数据的细胞。这些细胞与基因均有数据库或者数据集依据。（最多只展示前100个与输入基因连接最多的细胞）

6.2 方法学

相关细胞是基于CellMarker数据库，PanglaoDB数据库和小G自己收集的单细胞数据集整合而成，从而构建基因与细胞的关系网络。

6.3 DEMO说明

注：当连接数最大的点大于3个的时，无黄色标注。