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研究特征相关基因间的调控关系DEMO结果

注:结果包中的图片仅为示意图。

1.样本分组信息:

样本分组信息依据在快速数据分析页面选定的数据集和样本特性确定。(下图:样本分组表部分展示)

图中表格对应内容为:

列头 意义
sample_id 样本编号
sample_attr_id 样本对应临床信息

2.差异结果:

差异分析依据分组信息和edgeR差异算法,得出差异最显著的前1000个基因。(下图:差异结果表部分展示)

图中表格对应内容为:

列头 意义
ENSG_id TCGA所使用的的Ensembl 79的ID
Gene Symbol 某一探针编号对应的基因名称/lncRNA名称
Fold change 差异倍数
Gene Feature 基因在实验中的变化属性,如"diff"表示差异,"up"表示上调,"down"表示下调
P_value 评估ENSG的表达值在组间的显著性水平,即探针集对应的基因在组间的差异
FDR 阳性误判率,差异基因中假阳性基因所占比例的期望,值越小假阳性率越低
Biotype 表示名称是属于mRNA或ncRNA,coding表示属于mRNA,noncoding表示属于lncRNA或microRNA
sample1 样本对应的表达值
sample2 样本对应的表达值

同时展示差异结果的聚类图:

以及前20个最显著差异基因的聚类图:

 

3.Signal-net网络结果图:

基因属性表:(下图:基因属性表部分展示)

图中表格对应内容为:

列头 意义
Gene Symbol 基因的名称,与NCBI GenBank的基因标识一致
Gene Feature 基因在实验中的变化属性,如"diff"表示差异,"up"表示上调,"down"表示下调
Biotype 表示名称是属于mRNA或ncRNA,coding表示属于mRNA,noncoding表示属于lncRNA或microRNA
Betweenness 信号传递中介中心,若该值越大表示信号传递中某一基因的中介能力越强
Indegree 入度,某一基因的上游基因数量
Outdegree 出度,某一基因的下游基因数量
Degree 度,表示网络中与某一基因相互作用的基因的数量

 

基因关系表:(下图:基因关系表部分展示)

图中表格对应内容为:

列头 意义
Gene Symbol 1 基因的名称,与NCBI GenBank的基因标识一致
Gene Symbol 2 基因的名称,与NCBI GenBank的基因标识一致
Abbreviative Relation 简写,基因间关系类型在网络中的简写
All Relation 基因间关系类型,上游基因与下游基因间的相互作用关系

 

Cytoscape文件:

signal_net.cys(图片结果的cytocape文件,可以通过3.5.1以上版本的cytoscape软件调整图片)

Cytoscape软件网址:http://www.cytoscape.org/download.php

DEMO结果包下载:研究特征相关基因间的调控关系DEMO结果.zip

(1)

本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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