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挖掘与样本特征相关的基因DEMO结果

注:结果中的图片仅为示意图。

1.样本分组信息:

样本分组信息依据在快速数据分析页面选定的数据集和样本特性确定。(下图:样本分组表部分展示)

图中表格对应内容为:

列头 意义
sample_id 样本编号
sample_attr_id 样本对应临床信息

 

2.差异结果:

差异分析依据分组信息和edgeR差异算法,得出差异最显著的前1000个基因。(下图:差异结果表部分展示)

图中表格对应内容为:

列头 意义
ENSG_id TCGA所使用的的Ensembl 79的ID
Gene Symbol 某一探针编号对应的基因名称/lncRNA名称
Fold change 差异倍数
Gene Feature 基因在实验中的变化属性,如"diff"表示差异,"up"表示上调,"down"表示下调
P_value 评估ENSG的表达值在组间的显著性水平,即探针集对应的基因在组间的差异
FDR 阳性误判率,差异基因中假阳性基因所占比例的期望,值越小假阳性率越低
Biotype 表示名称是属于mRNA或ncRNA,coding表示属于mRNA,noncoding表示属于lncRNA或microRNA
sample1 样本对应的表达值
sample2 样本对应的表达值

同时展示差异结果的聚类图:

以及前20个最显著差异基因的聚类图:

DEMO结果包下载:挖掘与样本特征相关的基因DEMO结果.zip

本文由 GCBI学院 作者:li8592496 发表,转载请注明来源!

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