数据库挖掘，你只知道GEO和TCGA就out了！

公开的数据库是一个宝藏，大家喜欢从挖掘数据库，要么从中寻找思路和研究的分子，要么直接发表文章，关于TCGA和GEO这两个数据库，大家已经知道了。

当然，除了GEO和TCGA外，这种公开的数据库还有很多，GEO收录的信息包括了RNA表达、SNP、甲基化、蛋白结合以及蛋白表达等的数据，TCGA更偏重于从肿瘤方向研究RNA和蛋白表达、拷贝数突变、预后等结果。今天我们就来介绍另外一个数据库：ProteomeXchange。

顾名思义，这是一个蛋白质组学的数据库，在蛋白质组学如此火的今天，很多课题组把蛋白质组学实验的结果上传到PX，这就形成了另外一个宝藏。

ProteomeXchange的网址：http://www.proteomexchange.org/，打开后主页是这样的：

同样的，我们既可以查看数据，又可以提交数据：

大家想必对查看数据最感兴趣，单击Access Data后新打开的界面：

我们可以看到首先展示的是收录的物种、关键词和仪器，下面就是搜索框，我们就可以进行搜索了，我们输入肺癌lung cancer进行搜索：

下面是搜索到的结果：

我们看到登录号为PXD004077的这个数据：

我们看一下这个数据的介绍：

作者通过iTRAQ的方法对肺腺癌和癌旁样本中的蛋白进行了相对定量，并基于信号通路和network分析、THPA数据库（我们介绍过的：（工具篇）S5E50：航母级神器——蛋白组学结果大收录！）、文献搜索和创新性找到了6个差异表达的新蛋白并用于免疫组化和WB验证。另外，对两个表现最好的分子ERO1L和NARS进一步进行了临床和生物意义的分析。

这是文章中的结果：

接着我们看PXD004077这组数据的下载链接：

这里有两个下载链接，一个是FTP位置，另外一个是PRIDE项目的网址，FTP位置的数据是这样的：

PRIDE项目的网址打开后，

接下来就是下载和重分析数据了，这里给出的原始数据raw data：

我们下次找机会再介绍。