基础科研

大家都是怎么找转录因子的?

这次更新基因雷达上线了一个新功能——转录因子预测。调控机制目测可以出个下篇了,想要看上篇的戳这里,重点讲的是怎么找目标基因的上下游基因。

 

转录因子预测

功能和名字一样直白,就是预测基因可能的转录因子。使用也延续基因雷达一贯的风格,不能再简单。在基因雷达中输入基因,点击转录因子预测,华丽丽的结果就出来了。

基因雷达页面:https://www.gcbi.com.cn/gcanalyze/html/generadar/index

或直接进GCBI官网:www.gcbi.com.cn,在首页top栏选择基因雷达进入。

 

咋来的? 怎么看?

转录因子预测是基于每个基因的转录本(Ensembl数据库GRCh38版本)对起始位点上游2000bp下游500bp通过Transfac数据库进行转录因子预测,获得对应转录本相关的转录因子结果。

怎么看?

不以结果为导向的过程都是耍流氓。在这里,你只需要看推荐度的高中低即可,推荐度越高表明预测出来的转录因子的科研价值也高。推荐度整合了Transfac数据库的预测分值和COSMIC数据库以及dbSNP数据库是否存在对应注释信息。

 

想看具体数值信息的可点击小圆查看,比如转录因子FOXO3的信息如下,有结合位置和结合序列信息,这里的预测分值就是基于Transfac数据库的2个预测分值后的整合分值(分值越接近于1可靠性越高)。

点击表中基因可跳转到基因详情页面。

区域是否存在甲基化位点:基于COSMIC数据库的甲基化信息对预测出来的转录因子的结合区域进行注释,判断该结合区域上是否存在甲基化位点。

区域是否存在SNP位点:基于dbSNP数据库的SNP信息对预测出来的转录因子的结合区域进行注释,判断该结合区域上是否存在SNP位点。

 

拓展:

如何知道一个基因和哪些疾病相关(相关疾病)

一键获取基因的TF、miRNA、lncRNA、及上下游基因(调控网络)

如何快速查看一个基因在各个肿瘤中的表达情况(表达概况)

本文由 GCBI学院 作者:Lina 发表,转载请注明来源!

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