大家都是怎么找转录因子的？

这次更新基因雷达上线了一个新功能——转录因子预测。调控机制目测可以出个下篇了，想要看上篇的戳这里，重点讲的是怎么找目标基因的上下游基因。

转录因子预测

功能和名字一样直白，就是预测基因可能的转录因子。使用也延续基因雷达一贯的风格，不能再简单。在基因雷达中输入基因，点击转录因子预测，华丽丽的结果就出来了。

基因雷达页面：https://www.gcbi.com.cn/gcanalyze/html/generadar/index

或直接进GCBI官网：www.gcbi.com.cn，在首页top栏选择基因雷达进入。

咋来的？ 怎么看？

转录因子预测是基于每个基因的转录本（Ensembl数据库GRCh38版本）对起始位点上游2000bp下游500bp通过Transfac数据库进行转录因子预测，获得对应转录本相关的转录因子结果。

怎么看？

不以结果为导向的过程都是耍流氓。在这里，你只需要看推荐度的高中低即可，推荐度越高表明预测出来的转录因子的科研价值也高。推荐度整合了Transfac数据库的预测分值和COSMIC数据库以及dbSNP数据库是否存在对应注释信息。

想看具体数值信息的可点击小圆查看，比如转录因子FOXO3的信息如下，有结合位置和结合序列信息，这里的预测分值就是基于Transfac数据库的2个预测分值后的整合分值（分值越接近于1可靠性越高）。

点击表中基因可跳转到基因详情页面。

区域是否存在甲基化位点：基于COSMIC数据库的甲基化信息对预测出来的转录因子的结合区域进行注释，判断该结合区域上是否存在甲基化位点。

区域是否存在SNP位点：基于dbSNP数据库的SNP信息对预测出来的转录因子的结合区域进行注释，判断该结合区域上是否存在SNP位点。

拓展：

如何知道一个基因和哪些疾病相关（相关疾病）

一键获取基因的TF、miRNA、lncRNA、及上下游基因（调控网络）

如何快速查看一个基因在各个肿瘤中的表达情况（表达概况）