MicroRNA一站式分析神器：miRwalk

大家可能都知道，miRwalk是是个交叉预测网站，既可以通过靶基因预测microRNA也可以通过microRNA预测靶基因。

自从有了升级版miRWalk2.0，功能霸气upup，然而小伙伴们在尝试过之后纷纷表示……hold不住啊……

招架不住师弟师妹们的围追堵截……终于在实验做不完的深夜开始截图码字写简介……

miRWalk2.0是对之前数据库的改进提升版本（例如：miRWalk），它是一个归档全面、可自由使用，以多种新颖方式提供关于预测性的、实验证实的miRNA靶标相互作用的集合的最大的数据库（是诸如miRWalk及其它资源所不具有的），这为miRNA的研究提供了极大帮助。  

miRWalk2.0不仅仅记录了基因全长序列上的miRNA结合位点，也会将其与已有的12个miRNA靶标预测程序（DIANA-microTv4.0 , DIANA-microT-CDS , miRanda-rel2010 , mirBridge , miRDB4.0 , miRmap , miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA RNA22v2 , RNAhybrid2.1  and Targetscan6.2 ）的预测结合信息集合进行结合关联。旨在建立一个全新的比对平台，包括对启动子（四个预测数据库），CDS区（五个预测数据库），5’-UTR区（5个预测数据库）以及3’-UTR区（13个预测数据库）。

同时它通过自动文本挖掘和从已有的相关资源（miRTarBase, PhenomiR2.0, miR2Disease and HMDD ）获得的途径，记录经实验确认过的miRNA靶标互作信息。一共有多达13，650篇关于确认miRNA靶标方面的文献记录在库。包括了经实验确认的3，081条miRNAs互作信息和关于19395个基因，1955 个DO, 12 种基因, 4371 GOBP, 1331 GOMF, 715 GOCC, 6463 HPO, 4087 OMIM 异常, 546 个信号通路, 28 类蛋白, 450 种疾病, 671种器官以及87种细胞系的超过151，666，930个关系信息。另外，它还会提供已知的参与miRNA过程的蛋白信息。

在百度搜索miRwalk，然后点击第一条信息；进去以后就是该界面；

然后点击

在下拉列表里面第一个选项是由基因寻找已验证的miRNA；第二个选项是由miRNA寻找已验证的基因；
点击第一个选项

进入该界面以后，点击select database，点击里面的NCBI;

后面的窗口就变成了EntrezID,把自己的目的基因ID号码输入大paste identifiers里面即可；

假若不点击NCBI，换一种选择方式；

进入该界面以后，点击select database，点击里面的gene;

把synonym(PKD1)后面的选项改成official symbol；

选择NCBI，可以通过EntrezID查询，选择gene，officialsymbol，可以通过我们熟悉的gene symbol查询；两种方式都可以；

Pasteidentifiers，里面最多只能输入20个gene id，或者gene symbol；如果你的目的基因太多了，只能分批次输入了；

初期我喜欢用gene symbol查询，后来发现gene symbol有时候容易出错，这种简写，容易重名，而且必须是官方的写法（不清楚哪里去查官方的写法）；所以，后来我就喜欢用EntrezID,就是数字，唯一性；

我们用它举例的5310查询；

Step1的作用是选择物种，选择数据库类型，输入自己的靶基因；

Step2的作用是选择输出的内容，gene information或者functional association，这个根据自己的需要点击就可以了。我用不上这些信息，从来不管这些，就是默认选项；

Step3，点击搜索即可

点击第三步搜索以后，进入该界面，我忽视其它选项（其它选项信息量很大，有兴趣可以自己摸索），直接点击

点击第三步搜索以后，进入该界面，我忽视其它选项（其它选项信息量很大，有信息可以自己摸索），直接点击

下面是miRNA查询mRNA的界面，一个gene可以用多种形式传达同一个意思，一个miRNA也是如此，所以注意自己的输入形式（这个往往是新手很头疼的地方，多尝试几次就发现很简单）；点击搜索；

点击最下面的按钮；

这是显示的结果

在这里，请大家注意miRNA前体和成熟体的概念，我们输入进去的hsa-miR-124，是前体形式，输出的结果里面显示的成熟体和其靶基因。

我们用芯片检测miRNA的表达量，往往测的也是前体的表达量；这个需要使用者去揣摩它们之间的关系。