临床研究

启动子课题设计思路

之前介绍了很多从测序开始的实验思路,那当我们找到了一个影响细胞功能学的基因,接下去分子机制怎么做?第一种想法是往下游走,看它参与了哪些代谢通路,它的靶基因是什么,通过怎样的一个调控最终影响了细胞的功能。另外一种思路是往上游走,看看是什么原因导致了基因的异常表达。 

那基因的表达和什么相关?

DNA甲基化、组蛋白修饰、转录因子、增强子、启动子等(转录调控原件+转录调控因子),做上游实验就可以从这些点入手。

 

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启动子课题设计

 
今天的周四课堂王刚老师介绍了启动子相关课题怎么去做。

点击下方链接观看课程视频

启动子课题设计

 

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内容概要

 
本次课程以两篇文章为例,一篇从分子机制出发,一篇从临床出发。第一篇文章:套路简单

HIF-1α binding to AEG-1 promoter induced upregulated AEG-1 expression associated with metastasis in ovarian cancer.PMID: 28401704        IF: 2.915      Cancer Med. 2017 Apr 12
这篇文章首先验证了AEG-1的上调和卵巢癌的转移相关,那是什么导致了AEG-1的上调?在最开始列举了很多与基因表达相关的因素,如果没什么线索,就可以从启动子入手,它是基因转录的“开关”嘛。两种可能性,一种是启动子本身突变导致基因异常转录,也有可能是什么因子活化了启动子区域。

 

这篇文章属于第二种情形,发现缺氧诱导因子HIF-1a可能会诱导AEG-1的表达。怎么证明?还是两件套,过表达和干扰HIF-1a,看看AEG-1的表达是否受到影响。事实证明就是这样的。

图 HIF-1a诱导了AEG-1的上调和增强了OVCAR3细胞的侵袭能力那HIF-1a怎么调控AEG-1的表达呢?比较难解释的部分大家还是看视频吧。

 

总结下文章的思路:找到一个影响细胞功能学的基因,推测其上游因子,对上游因子进行过表达或干扰验证两者关系,最后研究调控机制。

 

安利来了……像这种找上下游调控有什么工具?调控雷达——输入基因即可以查询到相关的转录因子,上下游基因,miRNA和lncRNA.

比如文中的AEG-1,通过调控雷达可以看到它的转录因子,靶向miRNA和相关lncRNA。

调控雷达详细介绍

第二篇文章:临床角度出发
The TERT promoter mutation incidence is modified by germline TERT rs2736098 and rs2736100 polymorphisms in hepatocellular carcinoma.PMID: 28416747       IF:5.008         Oncotarget. 2017 Feb 18
TERT(端粒酶逆转录酶)启动子突变与人类癌症相关。这篇文章作者首先统计了较多的样本,发现TERT启动子突变和肝癌的预后显著相关,并确定了两个热门突变位点rs2736098和rs2736100。
图 肝癌病人中rs2736098和rs2736100和TERT启动子突变的关系
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本文由 GCBI学院 作者:li8592496 发表,转载请注明来源!

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