临床研究

利用FFPE样本筛选肿瘤预后标志物难吗?

作者:赵文静

由于甲醛固定石蜡包埋样本(FFPE)便于运输以及长期保存,所以临床上多使用该种方法保存病人的组织样本,但是该种样本保存方法经常容易导致DNA、RNA的降解,那么在科研工作中,石蜡样本在基因表达层面的研究就会受到限制,但是这个问题能否解决呢?
今天就给大家讲一篇文章:利用FFPE样本进行高通量检测,筛选出可预测非小细胞肺癌的预后效果的基因表达标签。结果证明是可以的。
文章信息:
Robust gene expression signature from formalin-fixed paraffin-embedded samples predicts prognosis of non-small-cell lung cancer patients
PMID: 21742808         影响因子: 8.72         GEO相关样本: 55(GSE29013
文章思路:
首先作者从安德森癌症中心的肺癌项目中随机选取了100例非小细胞肺癌(NSCLC)的FFPE样本,包含了样本及临床信息。抽提RNA经过质控后,保留了合格的75个样本,进行了Affymetrix U133 plus 2.0芯片检测,然后按照探针集检出率≥15%的标准,保留了合格的55个样本。在这55个样本中,均有检出的探针集共有1400个,进行无监督聚类根据提供的样本数据,来评价其相关性和可能的分组方案,该方法在癌症基因组学尤其是分子层面的新子类研究中已得到普及。)后分为两组。
两分组的聚类和生存分析结果如下图,生存分析结果显示,Group1样本的生存期要显著低于Group 2(HR =3.6, P =0.017)。
生存分析结果
作者利用这1400个基因的55个样本的生存数据进行了生存分析,挖掘出与预后相关性的基因131个。另外作者使用了另外一批442个冻存样本的数据,同样进行了生存分析,筛选出365个与生存相关的基因。将这两部分基因取交集,分到了59个基因。
59基因标签的验证
首先利用55个样本,对59个基因标签进行了有监督主成分分析,同时作者又挑选了2个队列数据(n=111,n=117)来验证这个基因标签。
本研究显示利用FFPE样本的全基因组表达芯片筛选出的有效的基因表达标签和肺癌的临床结果密切相关,这可以应用于改善1期肺癌患者的预后,而且预后标签是不依赖与临床变量。经过了几个独立研究的验证最终选出59个基因作为肺癌预后标签。
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本文由 GCBI学院 作者:Lina 发表,转载请注明来源!

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