作者：赵文静
GSEA是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等知识的基础上，首先构建了一个分子标签数据库，数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基因表达谱杂交数据，它们在特定的功能基因集中的表达状况，以及这种表达状况是否存在某种统计学显著性。
1.进行GSEA分析，首先需要在本地安装GSEA软件，并且安装JAVA。
1）第一是差异基因的数据文件（txt格式），第一列是基因名称，后面是样本的信号值，如下图：
2）第二个文件是样本的分组信息文件，”phenotype.cls”文件，格式如下：
3.打开安装好的GSEA的软件，第一步，点击 load data， 导入我们准备好的上述两个文件。
第三步，填充右侧栏中的参数，一共分三块，第一块如下图
Expression dataset选择你导入的差异的数据；
Gene sets database 选择网络的KEGG的数据库
Number of permutations 默认值1000，不用修改；
Phenotype lables 即你导入的分组文件，选择T vs N，即实验vs对照组
Collapse dataset to geng symbols 选择false
Permutation type 选择gene_set
Min Size：exclude smaller sets 设置为3，即表示参与该通路的基因少于3个时，则不列入结果中。
红色框里的参数需要修改，其余参数默认，设置完成后点击Run，左边会显示运行状态；
运行完成后，左侧会显示成功，然后在你命名的路径中，查看结果即可。
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