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——其明携手复旦大学附属中山医院建立肝癌基因临床研究数据库

肝癌是我国常见的恶性肿瘤,而且死亡率迅速上升。因此,积极研究肝癌病因和制定预防措施是当务之急。此次复旦大学附属中山医院与上海其明合作建立的肝癌临床数据库,基于对肝癌相关公共数据的融合,实现数据量从量变到质变的规模效应。通过对大数据的分析,达到对肝癌未知信息的进一步解读。从而更深层次的理解肝癌的发生和发展,探索新的治疗靶点和诊断标志物。同时依托于大数据的模型,将对肝癌的早期干预和预防,以及对肝癌患者的个性化诊疗有着重要的作用。

临床中容易面临大量数据样本管理困难的问题。随着样本数的急速增加,通过手工管理耗费大量人力却达不到良好的效率。GCBI通过多种数据源,大量数据快速导入,快速构建的疾病基因数据库,能够提供智能化的临床与基因数据联合分析功能。系统建成后,能够持续产出科研成果。临床中遇到的问题,有时即便专家也缺乏经验,做出正确的诊断和治疗更加困难。其明建立的临床研究数据库可以通过公共样本的标准化、海量文献的学习和不断的错误修正,帮助专家给出最适宜的诊断和最佳治疗。同时,随着样本量的不断增加所形成的肝癌基因临床研究数据库也会成为肝癌治疗及预防的强力后盾。

建立“肝癌基因临床研究数据库”

上海其明信息技术有限公司联合复旦大学附属中山医院建立了肝癌基因临床研究数据库。整合TCGA、GEO公共样本及自有的样本数据,进行数据标准化、本体化和入库、建立分析模型,形成肝癌基因临床研究数据库。

数据库概述

肝癌基因临床研究数据库基于对大量公共数据的收集,使用单样本数据解析算法和统一的信息标化、数据存储来实现数据整合,同时提供大数据的分析工具和数据下载功能。肝癌基因临床研究数据库目的在于更深层次的理解基因对于肝癌的产生,发展以及药物等其他信息之间的关系;从而在肝癌的早期干预和预防,以及对肝癌患者的个性化诊疗方面起着重要的推动作用。肝癌基因临床研究数据库目前已收录了NCBI_GEO数据库中3500例的肝癌相关样本数据。目前样本数据仍在不断扩充中。

数据库架构示意图

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本文由 GCBI学院 作者:乞嘚咙咚呛咚呛 发表,转载请注明来源!

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